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wuyoung

新虫 (小有名气)

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[求助] 利用Gromacs在做纯溶剂的md.mdp时，有一个关于温度耦合的设定没有明白，求指点！已有1人参与

我利用Gromacs做离子液体的动力学模拟，在写md.mdp时，完全搬照网上的例子，这样写：

title                   = try
cpp                   = /usr/bin/cpp
constraints             = none
integrator             = md
dt                      = 0.002 ; ps !
nsteps                = 50000 ; total 100ps
nstcomm                = 1
nstxout                = 500    ; collect data every 1ps
nstvout                = 0
nstfout                = 0
nstlist                = 10
ns_type                = grid
rlist                   = 1.0
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
vdwtype                = cut-off
rvdw                   = 1.4
fourierspacing          = 0.12
fourier_nx             = 0
fourier_ny             = 0
fourier_nz             = 0
pme_order             = 4
ewald_rtol             = 1e-5
optimize_fft          = yes
;Berendsen temperature coupling is on
Tcoupl                = v-rescale
tau_t                   = 0.1  0.1
tc-grps                = protein non-protein
ref_t                   = 300  300
; Pressure coupling is on
Pcoupl                = parrinello-rahman
Pcoupltype             = isotropic

我现在有两个问题不明白：
（1）网上的教程中有这样一句话：“用于explicit solvation 的md.mdp文件内容（特殊注释：做真空模拟，去掉温度耦合中的
      “sol”部分。在有补偿离子的模拟中，为离子加入相应的温度耦合参数）”
      在我这里应该去掉哪部分？
（2） tc-grps                = protein non-protein
      表示的具体意思是什么，我看manul没有很懂，另外我模拟的体系中没有protein，所以是不是不用写这句？

谢谢高人指点！！

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1楼 2014-08-21 11:18:54

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fangsteel

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【答案】应助回帖

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无所谓啊，protein只是个group的名字而已，表示这个group内原子用300K来耦合而已。

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