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利用Gromacs在做纯溶剂的md.mdp时，有一个关于温度耦合的设定没有明白，求指点！ 已有1人参与
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我利用Gromacs做离子液体的动力学模拟，在写md.mdp时，完全搬照网上的例子，这样写： title = try cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 50000 ; total 100ps nstcomm = 1 nstxout = 500 ; collect data every 1ps nstvout = 0 nstfout = 0 nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ;Berendsen temperature coupling is on Tcoupl = v-rescale tau_t = 0.1 0.1 tc-grps = protein non-protein ref_t = 300 300 ; Pressure coupling is on Pcoupl = parrinello-rahman Pcoupltype = isotropic 我现在有两个问题不明白： （1） 网上的教程中有这样一句话：“用于explicit solvation 的md.mdp文件内容（特殊注释：做真空模拟，去掉温度耦合中的 “sol”部分。在有补偿离子的模拟中，为离子加入相应的温度耦合参数）” 在我这里应该去掉哪部分？ （2） tc-grps = protein non-protein 表示的具体意思是什么，我看manul没有很懂，另外我模拟的体系中没有protein，所以是不是不用写这句？ 谢谢高人指点！！ |
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fangsteel
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