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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs 溶剂可及表面（SAS）的计算源代码
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] Gromacs 溶剂可及表面（SAS）的计算源代码 已有1人参与

我在MS里计算的轨迹想在VMD里算亲水和疏水部分的溶剂可及表面（SAS）
现在遇到的问题是，在VMD里可以用measure sasa命令算整个分子的SAS，但是没法算各个部分对于SAS的贡献。就像gromacs里那样。
所以，我想看下gromacs里如何实现这一过程，却不知道在哪里查看源代码，请各位熟悉gromacs的帮忙
另，在VMD里如何算出各个部分对于SAS的贡献？


或者谁知道如何将MS里的轨迹转化为pdb格式，这样我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存为pdb只能存当前帧构象，不是轨迹。
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1楼 2015-09-15 14:15:36
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angjzy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-09-25 09:09:49
找到了，非常感谢，你有用过VMD算过sasa吗？看了一下gromacs的代码，没什么特别之处，它和VMD算sasa的区别在哪儿？...

没有用vmd算过
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9楼2015-09-25 21:46:07
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
我特别想知道在gromacs里，total SAS和各个部分的SAS贡献是如何得来的

在VMD里，先select，再measure，那么各个部分的SASA总和必定大于total SASA，因为原子重叠部分重复计算了。

然而，据说，在gromacs，只算一次total SASA，然后把它divide成各部分的SAS，如何divide？？
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2楼2015-09-16 10:13:45
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
专家们帮忙会诊一下
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3楼2015-09-17 11:11:15
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
没有人计算过SASA吗？求指教
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4楼2015-09-21 09:22:37
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