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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助，gromacs在加溶剂时无法生成top文件。
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tarmountain

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助，gromacs在加溶剂时无法生成top文件。 已有3人参与

我打的指令是genbox,指令中的gro文件正常输出了，但是无法输出top文件，有大神告诉我这是为什么吗？

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1楼 2015-11-08 10:52:00
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
生成top用pdb2gmx命令
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gromacs
2楼2015-11-08 13:41:57
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
top文件会自动覆盖的
你先拉到top文件最下面 看看有没有top system里面有没有加入的水。
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tarmountain
3楼2015-11-09 01:58:53
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tarmountain

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-09 01:58:53
top文件会自动覆盖的
你先拉到top文件最下面 看看有没有top system里面有没有加入的水。

谢谢，我是个小白，这个软件好难学啊？你是怎么弄明白这些的？

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4楼2015-11-09 23:29:24
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花开满天

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
top文件在后期都是自己编写的，前面如果是试下例子的话可以按楼上的命令

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5楼2015-11-09 23:31:38
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tarmountain at 2015-11-09 23:29:24
谢谢，我是个小白，这个软件好难学啊？你是怎么弄明白这些的？
...

看看手册 做几遍就会了

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6楼2015-11-10 01:14:53
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默然~虫
7楼2015-11-10 07:37:55
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