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²é¿´: 689  |  »Ø¸´: 2

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½ð³æ (СÓÐÃûÆø)

[ÇóÖú] ÇóÖú£¬gromacsÅÜnveÄÜÁ¿ÎªÉñÂí²»ºã¶¨£¿ ÒÑÓÐ1È˲ÎÓë

Çó´óÉñÖ¸½Ì£¬ÎªÉñÂíÅÜNVEµÄʱºò£¬ÄÜÁ¿²»ºã¶¨£¬»¹½µµÍÄØ£¿NVEÉèÖÃÈçÏ£¬²»ÖªÄÄÀïÓдí?

constraints         = h-bonds
constraint_algorithm =  LINCS
lincs_iter        = 2                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
integrator          =  md
dt                  =  0.002    ; ps !
nsteps              =  250000000  ; 500 ns
nstxout             =  50000
nstvout             =  100000
nstfout             =  100000
nstlog              =  10000
nstenergy           =  50000
nstxtcout           =  50000
nstlist             =  10
ns_type             =  grid
coulombtype         =  PME-Switch
vdw_type            =  Shift
rvdw_switch         = 0.8
DispCorr            =  no
rlist               =  1.2
rcoulomb            =  1.0
rvdw                =  1.0
pbc                 = xyz
optimize_fft        = yes
nstcomm             = 1
comm-grps           = system
; Berendsen temperature coupling is on
tcoupl              =  no
tc-grps             =  system
tau_t               =  0.1 ;  0.1  0.1   
ref_t               =  300;  298  298   
; Energy monitoring
energygrps          =  system
; Semiisotropic pressure coupling is now on
;Pcoupl              =  Berendsen
;Pcoupltype          =  isotropic
;tau_p               =  1       ; 1      ; 5      5       5       5
;compressibility     =  4.5e-5  ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0       0       0
;ref_p               =  1.0     ; 1.0    ; 1.0    0       0       0
; Generate velocites is on at 300K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  300
gen_seed            =  173529
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fangsteel

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gromacs
2Â¥2014-12-31 15:36:36
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

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2Â¥: Originally posted by fangsteel at 2014-12-31 15:36:36
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nveÊÇÕâÑùµÄ£¬²»ÄÜ¿ØÎÂ

[ ·¢×ÔСľ³æ¿Í»§¶Ë ]
3Â¥2014-12-31 19:40:35
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû
Ïà¹Ø°æ¿éÌø×ª ÎÒÒª¶©ÔÄÂ¥Ö÷ Ã÷ÔÂÕÕÇåÇþ µÄÖ÷Ìâ¸üÐÂ
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