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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » gromacs全原子力场不能跑，求助！
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs全原子力场不能跑，求助！

我用gromacs opls全原子力场模拟，一直提示
Fatal error:
Too many LINCS warnings (1845)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
而且nohup.out提示 ONE OF THE PROCESSES TERMINATED BADLY: CLEANING UP
是什么原因呢？应该怎样解决呢？

[ Last edited by 明月照清渠 on 2011-11-15 at 10:15 ]
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1楼 2011-11-15 10:13:55
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
楼主解决了吗，我也遇到了，求解
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2楼2014-04-18 16:36:12
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明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-04-18 16:36:12
楼主解决了吗，我也遇到了，求解

重新建了构型呢~

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-04-19 12:02:36
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2014-04-19 12:02:36
重新建了构型呢~
...

什么意思？什么叫重新建了构型啊？是不是换了一种力场啊
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4楼2014-04-19 14:52:31
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明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-04-19 14:52:31
什么意思？什么叫重新建了构型啊？是不是换了一种力场啊...

没换立场，就是重新建了构型，怀疑是初始构型不太合理

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2014-04-19 20:46:44
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2014-04-19 20:46:44
没换立场，就是重新建了构型，怀疑是初始构型不太合理
...

(⊙o⊙)…好吧，重建构型
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6楼2014-04-21 08:37:55
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cx_holmes

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2014-04-19 20:46:44
没换立场，就是重新建了构型，怀疑是初始构型不太合理
...

你的意思是可以改变下两个分子之间的距离是吗？
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7楼2015-05-19 15:10:44
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