24小时热门版块排行榜    

查看: 3509  |  回复: 6

姬宫千歌音

新虫 (初入文坛)

[交流] Gromacs怎么使用clayff力场? 已有5人参与

如何在Gromacs中使用clayff力场啊?
网上下载的clayff只有frc格式的。。。

另外我想把MS做的quartz.pdb导入 gromacs 生成 top时候出错。。
残基“MOL” not found。。应该怎么修改?

[ Last edited by 姬宫千歌音 on 2013-11-6 at 17:14 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-06 18:04:21
不知道楼主为什么会在蛋白质软件里用到clayff

clayff推荐用MS软件的gulp模块,或者lammps
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-11-06 16:34:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姬宫千歌音

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-11-06 16:34:34
不知道楼主为什么会在蛋白质软件里用到clayff

clayff推荐用MS软件的gulp模块,或者lammps

我看到很多文献是Gromacs用clayff啊。。对了使用gulp clayff计算的时候出错 Si O H not found in library是为什么?

[ Last edited by 姬宫千歌音 on 2013-11-6 at 17:26 ]
3楼2013-11-06 17:09:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunguohui

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
查看相应的文献应该是最好的办法。
科研路上大家相互帮助!
4楼2013-11-06 20:05:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerkwin

专家顾问 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-07 08:17:13
你要自己写top文件
5楼2013-11-06 22:59:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小虫_sang

铁虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:45:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by 姬宫千歌音 at 2013-11-06 17:09:16
我看到很多文献是Gromacs用clayff啊。。对了使用gulp clayff计算的时候出错 Si O H not found in library是为什么?
...

最近我也想用gulp中的clayff计算,结果也出想上述问题:原子找不到力场;不知道楼主解决了没有?
6楼2014-05-14 14:46:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晓杨木木

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 姬宫千歌音 at 2013-11-06 17:09:16
我看到很多文献是Gromacs用clayff啊。。对了使用gulp clayff计算的时候出错 Si O H not found in library是为什么?
...

楼主能把你看的文献分享一下吗?我也在用gromacs,做粘土矿物方向

发自小木虫Android客户端
7楼2017-02-17 21:57:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 姬宫千歌音 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 7/350 2026-08-21 11:45 by 6543yes
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +15 archvillain 2026-08-15 27/1350 2026-08-21 11:32 by tim76
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +22 yaoyewhu2008 2026-08-20 24/1200 2026-08-21 07:44 by DanielDDDD
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:35 by CaoLG
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见