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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs怎么使用clayff力场？
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姬宫千歌音

新虫 (初入文坛)

[交流] Gromacs怎么使用clayff力场？ 已有5人参与

如何在Gromacs中使用clayff力场啊？
网上下载的clayff只有frc格式的。。。

另外我想把MS做的quartz.pdb导入 gromacs 生成 top时候出错。。
残基“MOL” not found。。应该怎么修改？

[ Last edited by 姬宫千歌音 on 2013-11-6 at 17:14 ]
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1楼 2013-11-06 15:10:31
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-06 18:04:21
不知道楼主为什么会在蛋白质软件里用到clayff

clayff推荐用MS软件的gulp模块，或者lammps
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-11-06 16:34:34
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姬宫千歌音

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-11-06 16:34:34
不知道楼主为什么会在蛋白质软件里用到clayff

clayff推荐用MS软件的gulp模块，或者lammps

我看到很多文献是Gromacs用clayff啊。。对了使用gulp clayff计算的时候出错 Si O H not found in library是为什么？

[ Last edited by 姬宫千歌音 on 2013-11-6 at 17:26 ]
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3楼2013-11-06 17:09:16
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sunguohui

新虫 (著名写手)
★
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查看相应的文献应该是最好的办法。
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科研路上大家相互帮助！
4楼2013-11-06 20:05:14
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-07 08:17:13
你要自己写top文件
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5楼2013-11-06 22:59:11
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:45:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by 姬宫千歌音 at 2013-11-06 17:09:16
我看到很多文献是Gromacs用clayff啊。。对了使用gulp clayff计算的时候出错 Si O H not found in library是为什么？
...

最近我也想用gulp中的clayff计算，结果也出想上述问题：原子找不到力场；不知道楼主解决了没有？
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6楼2014-05-14 14:46:45
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晓杨木木

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 姬宫千歌音 at 2013-11-06 17:09:16
我看到很多文献是Gromacs用clayff啊。。对了使用gulp clayff计算的时候出错 Si O H not found in library是为什么？
...

楼主能把你看的文献分享一下吗？我也在用gromacs，做粘土矿物方向

发自小木虫Android客户端
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7楼2017-02-17 21:57:31
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