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明月照清渠

金虫 (小有名气)

[求助] 求助,gromacs跑nve能量为神马不恒定? 已有1人参与

求大神指教,为神马跑NVE的时候,能量不恒定,还降低呢?NVE设置如下,不知哪里有错?

constraints         = h-bonds
constraint_algorithm =  LINCS
lincs_iter        = 2                ; accuracy of LINCS
lincs_order        = 4                ; also related to accuracy
integrator          =  md
dt                  =  0.002    ; ps !
nsteps              =  250000000  ; 500 ns
nstxout             =  50000
nstvout             =  100000
nstfout             =  100000
nstlog              =  10000
nstenergy           =  50000
nstxtcout           =  50000
nstlist             =  10
ns_type             =  grid
coulombtype         =  PME-Switch
vdw_type            =  Shift
rvdw_switch         = 0.8
DispCorr            =  no
rlist               =  1.2
rcoulomb            =  1.0
rvdw                =  1.0
pbc                 = xyz
optimize_fft        = yes
nstcomm             = 1
comm-grps           = system
; Berendsen temperature coupling is on
tcoupl              =  no
tc-grps             =  system
tau_t               =  0.1 ;  0.1  0.1   
ref_t               =  300;  298  298   
; Energy monitoring
energygrps          =  system
; Semiisotropic pressure coupling is now on
;Pcoupl              =  Berendsen
;Pcoupltype          =  isotropic
;tau_p               =  1       ; 1      ; 5      5       5       5
;compressibility     =  4.5e-5  ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0       0       0
;ref_p               =  1.0     ; 1.0    ; 1.0    0       0       0
; Generate velocites is on at 300K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  300
gen_seed            =  173529
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-12-31 15:36:36
mdp为啥把tcoupl设置成没有温度耦合呢?那不就是没有热浴了么???

nve是这样的,不能控温

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-12-31 19:40:35
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
mdp为啥把tcoupl设置成没有温度耦合呢?那不就是没有热浴了么???
gromacs
2楼2014-12-31 15:36:36
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