应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助，gromacs在加溶剂时无法生成top文件。
71/1返回列表
查看: 1648  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tarmountain

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助，gromacs在加溶剂时无法生成top文件。 已有3人参与

我打的指令是genbox,指令中的gro文件正常输出了，但是无法输出top文件，有大神告诉我这是为什么吗？

发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-11-08 10:52:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
生成top用pdb2gmx命令
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2015-11-08 13:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
top文件会自动覆盖的
你先拉到top文件最下面 看看有没有top system里面有没有加入的水。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tarmountain
3楼2015-11-09 01:58:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tarmountain

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-09 01:58:53
top文件会自动覆盖的
你先拉到top文件最下面 看看有没有top system里面有没有加入的水。

谢谢，我是个小白，这个软件好难学啊？你是怎么弄明白这些的？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-09 23:29:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

花开满天

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
top文件在后期都是自己编写的，前面如果是试下例子的话可以按楼上的命令

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2015-11-09 23:31:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tarmountain at 2015-11-09 23:29:24
谢谢，我是个小白，这个软件好难学啊？你是怎么弄明白这些的？
...

看看手册 做几遍就会了

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
6楼2015-11-10 01:14:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

默然~虫
7楼2015-11-10 07:37:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tarmountain 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-17 02:38 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 7/350 2026-09-17 02:28 by Tql5LQhh5rLK
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 i3KBRD19ERkG 2026-09-16 3/150 2026-09-17 00:50 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-16 22:26 by Tql5LQhh5rLK
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-16 21:26 by MHf40yA0Uhyb
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-16 21:26 by MHf40yA0Uhyb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-16 21:14 by MHf40yA0Uhyb
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-16 20:50 by MHf40yA0Uhyb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 9/450 2026-09-16 18:36 by rRvxEj3zorCy
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-16 14:27 by i3KBRD19ERkG
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-16 06:51 by LH5NkK5Ud4bh
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 3/150 2026-09-16 02:38 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 18:47 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:59 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:39 by CgyNCDVNhGVg
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:58 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:50 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭