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赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
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Gromacs 溶剂可及表面（SAS）的计算源代码 已有1人参与
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我在MS里计算的轨迹想在VMD里算亲水和疏水部分的溶剂可及表面（SAS） 现在遇到的问题是，在VMD里可以用measure sasa命令算整个分子的SAS，但是没法算各个部分对于SAS的贡献。就像gromacs里那样。 所以，我想看下gromacs里如何实现这一过程，却不知道在哪里查看源代码，请各位熟悉gromacs的帮忙 另，在VMD里如何算出各个部分对于SAS的贡献？ 或者谁知道如何将MS里的轨迹转化为pdb格式，这样我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存为pdb只能存当前帧构象，不是轨迹。 |
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