应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边
111/2返回列表12下一页
查看: 2309  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边 已有1人参与

本小虫刚接触Gromacs做动力学模拟，在定义盒子并添加溶剂这一步，使用如下命令：
        editconf -f  complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
        genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
       然后查看solv.gro文件，发现蛋白分子有一部分出现在盒子外边，刚开始以为是边距小，所以改为1.5之后，还是出现同样的情况。但是可以看出盒子还是有很大的空间，完全可以把蛋白分子装下的。
       想请教各位，这种情况该如何处理？
       谢谢各位！

Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边
2015-11-05_223119.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-11-05 22:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

XYwinne

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by aizazadi525 at 2015-11-06 08:53:31
是的，怎么放中心呢？该怎样写命令？
...

在editconf里—c

发自小木虫Android客户端
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2015-11-06 12:45:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdx1991

新虫 (著名写手)
把晶包改成cubic

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-11-05 23:38:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qyj2006

铁杆木虫 (小有名气)
好像没有放在中心。。。

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
明明白白我的心,寻找一份真感情!
3楼2015-11-06 03:22:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qyj2006 at 2015-11-06 03:22:16
好像没有放在中心。。。

是的，怎么放中心呢？该怎样写命令？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-06 08:53:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qyj2006 at 2015-11-06 03:22:16
好像没有放在中心。。。

好像还有一个问题，我命名定义的是12面体，但为什么看起来像是6面体
赞一下 回复此楼
5楼2015-11-06 10:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 15:22:13
VMD显示问题而，没必要管它。你的蛋白已经在盒子中间了。直接跑就行，
跑完了，分析轨迹的时候 trjconv -pbc nojump 再用vmd观察轨迹。
如果你是常温模拟 没必要用到cubic 。纯粹浪费计算时间。
赞一下 回复此楼
7楼2015-11-09 02:19:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by XYwinne at 2015-11-06 12:45:10
在editconf里—c
...

不是关键
回复此楼
8楼2015-11-09 02:20:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XYwinne

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-09 02:19:58
VMD显示问题而，没必要管它。你的蛋白已经在盒子中间了。直接跑就行，
跑完了，分析轨迹的时候 trjconv -pbc nojump 再用vmd观察轨迹。
如果你是常温模拟 没必要用到cubic 。纯粹浪费计算时间。

学习了，如果要改变盒子大小，trijconv 处理轨迹—pbc nojump和—pbc mol —ur compact，不知你用哪个？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2015-11-09 08:06:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by XYwinne at 2015-11-09 08:06:55
学习了，如果要改变盒子大小，trijconv 处理轨迹—pbc nojump和—pbc mol —ur compact，不知你用哪个？
...

—pbc nojump
回复此楼
10楼2015-11-09 11:17:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 aizazadi525 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 7/350 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 14/700 2026-11-06 16:32 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:32 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 18/900 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 10/500 2026-11-06 12:32 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 10/500 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:11 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 04:47 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭