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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边 已有1人参与

本小虫刚接触Gromacs做动力学模拟，在定义盒子并添加溶剂这一步，使用如下命令：
        editconf -f  complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
        genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
       然后查看solv.gro文件，发现蛋白分子有一部分出现在盒子外边，刚开始以为是边距小，所以改为1.5之后，还是出现同样的情况。但是可以看出盒子还是有很大的空间，完全可以把蛋白分子装下的。
       想请教各位，这种情况该如何处理？
       谢谢各位！

Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边
2015-11-05_223119.png
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1楼 2015-11-05 22:36:26
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

XYwinne

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by aizazadi525 at 2015-11-06 08:53:31
是的，怎么放中心呢？该怎样写命令？
...

在editconf里—c

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6楼2015-11-06 12:45:10
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hdx1991

新虫 (著名写手)
把晶包改成cubic

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2楼2015-11-05 23:38:05
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qyj2006

铁杆木虫 (小有名气)
好像没有放在中心。。。

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明明白白我的心,寻找一份真感情!
3楼2015-11-06 03:22:16
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普通回帖

aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qyj2006 at 2015-11-06 03:22:16
好像没有放在中心。。。

是的，怎么放中心呢？该怎样写命令？

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4楼2015-11-06 08:53:31
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aizazadi525

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qyj2006 at 2015-11-06 03:22:16
好像没有放在中心。。。

好像还有一个问题，我命名定义的是12面体，但为什么看起来像是6面体
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5楼2015-11-06 10:23:54
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aizazadi525: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-11-09 15:22:13
VMD显示问题而，没必要管它。你的蛋白已经在盒子中间了。直接跑就行，
跑完了，分析轨迹的时候 trjconv -pbc nojump 再用vmd观察轨迹。
如果你是常温模拟 没必要用到cubic 。纯粹浪费计算时间。
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7楼2015-11-09 02:19:58
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by XYwinne at 2015-11-06 12:45:10
在editconf里—c
...

不是关键
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8楼2015-11-09 02:20:22
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XYwinne

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-11-09 02:19:58
VMD显示问题而，没必要管它。你的蛋白已经在盒子中间了。直接跑就行，
跑完了，分析轨迹的时候 trjconv -pbc nojump 再用vmd观察轨迹。
如果你是常温模拟 没必要用到cubic 。纯粹浪费计算时间。

学习了，如果要改变盒子大小，trijconv 处理轨迹—pbc nojump和—pbc mol —ur compact，不知你用哪个？

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9楼2015-11-09 08:06:55
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by XYwinne at 2015-11-09 08:06:55
学习了，如果要改变盒子大小，trijconv 处理轨迹—pbc nojump和—pbc mol —ur compact，不知你用哪个？
...

—pbc nojump
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10楼2015-11-09 11:17:47
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