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aizazadi525铁杆木虫 (正式写手)
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Gromacs在定义盒子是分子出现在盒子外边 已有1人参与
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本小虫刚接触Gromacs做动力学模拟，在定义盒子并添加溶剂这一步，使用如下命令： editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0 genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro 然后查看solv.gro文件，发现蛋白分子有一部分出现在盒子外边，刚开始以为是边距小，所以改为1.5之后，还是出现同样的情况。但是可以看出盒子还是有很大的空间，完全可以把蛋白分子装下的。 想请教各位，这种情况该如何处理？ 谢谢各位！  2015-11-05_223119.png |
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