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astringent铜虫 (著名写手)
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gromacs单点能运行不下去
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我想gromacs对某一特定构型进行单点能量的计算，我的体系就是一个弱键化合物周围有40个水分子，可是当我计算的时候，就出现下面的错误，无法进行下去。 NOTE 1 [file test.top, line 49]: Zero-step energy minimization will alter the coordinates before calculating the energy. If you just want the energy of a single point, try zero-step MD (with unconstrained_start = yes). To do multiple single-point energy evaluations of different configurations of the same topology, use mdrun -rerun. Analysing residue names: There are: 1 Other residues There are: 50 Water residues Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 474.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.330, 0.179 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.330, 0.237 nm WARNING 2 [file test.mdp]: The sum of the two largest charge group radii (0.567054) is larger than rlist (0.500000) Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 12x12x12, spacing 0.113 0.102 0.103 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.55 NOTE 2 [file test.mdp]: The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5 and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33, for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing This run will generate roughly 0 Mb of data There were 2 notes There were 2 warnings ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 4.5.5 Source code file: grompp.c, line: 1584 Fatal error: Too many warnings (2), grompp terminated. If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors 请问该如何解决？ 另外，我的弱键化合物是NH3....CH3BR，我自己写的top文件，只定义了键长和健角，请问对于这种弱键化合物，还存在pairs相互作用吗？请大家指点，在此谢过 [ Last edited by ghcacj on 2011-11-30 at 08:05 ] |
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