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ptf1242

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[交流] 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了已有2人参与

就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro 文件。结果是： File input/output error ...

请问是哪里有问题？我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro 文件，就没法进行生成后面的tpr。

我晓得前面的水，甲醇，mixed那几个教程是没法运行的。但是听说 speptide 可以运行。但是就是有这个小问题。

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1楼 2010-09-30 10:25:47

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-30 14:23:26
ptf1242(金币+1):蛮好 2010-10-15 19:13:34

引用回帖:

Originally posted by ptf1242 at 2010-09-30 10:25:47:
就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro 文件。结果是： File input/output error ...

请问是哪里有问题？我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro 文 ...

.....你有没有打开你有初始PDB结构的路径，比如你的PDB文件在/HOME/XX下，之前你有没有cd /HOME/XX?