24小时热门版块排行榜

返回列表

ptf1242

金虫 (正式写手)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 192.8
散金: 117
红花: 1
帖子: 330
在线: 981.8小时
虫号: 426586
注册: 2007-07-28
性别: GG
专业: 资源利用科学及其他

[交流] 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了已有2人参与

就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro 文件。结果是： File input/output error ...

请问是哪里有问题？我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro 文件，就没法进行生成后面的tpr。

我晓得前面的水，甲醇，mixed那几个教程是没法运行的。但是听说 speptide 可以运行。但是就是有这个小问题。

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

gromacs模拟已经有4人回复
请教GROMACS安装已经有8人回复
求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢已经有5人回复
gromacs 运行pdb2gmx中出错，pdb2gmx: error while loading shared libraries 已经有3人回复
gromacs中文教程已经有488人回复
【求助】如何使用gromacs中的constraint 已经有8人回复
【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs 已经有6人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起已经有8人回复
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？已经有7人回复
【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？已经有5人回复
【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子已经有7人回复

1楼 2010-09-30 10:25:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

模拟EPI: 9
应助: 81 (初中生)
贵宾: 0.156
金币: 462.4
散金: 2274
红花: 30
帖子: 1245
在线: 1248.1小时
虫号: 591536
注册: 2008-09-02
性别: GG
专业: 环境生物物理

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-30 14:23:26
ptf1242(金币+1):蛮好 2010-10-15 19:13:34

引用回帖:

Originally posted by ptf1242 at 2010-09-30 10:25:47:
就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro 文件。结果是： File input/output error ...

请问是哪里有问题？我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro 文 ...

.....你有没有打开你有初始PDB结构的路径，比如你的PDB文件在/HOME/XX下，之前你有没有cd /HOME/XX?