应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了
81/1返回列表
查看: 1120  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ptf1242

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了 已有2人参与

就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro  文件。结果是： File input/output error  ...

请问是哪里有问题？ 我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro  文件，就没法进行生成后面的tpr。

我晓得前面的水 ，甲醇 ，mixed那几个教程是没法运行的。但是听说 speptide 可以运行。但是就是有这个小问题。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-09-30 10:25:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-30 14:23:26
ptf1242(金币+1):蛮好 2010-10-15 19:13:34
引用回帖:
Originally posted by ptf1242 at 2010-09-30 10:25:47:
就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro  文件。结果是： File input/output error  ...

请问是哪里有问题？ 我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro  文 ...

.....你有没有打开你有初始PDB结构的路径，比如你的PDB文件在/HOME/XX下，之前你有没有cd /HOME/XX?
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-09-30 10:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
进入了.
回复此楼
3楼2010-09-30 11:34:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
生成不了top 和 gro  文件.
赞一下 回复此楼
4楼2010-09-30 11:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
我搜索整个文件系统，也没有speptide top 和 gro  的文件生成
赞一下 回复此楼
5楼2010-09-30 11:37:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
基本的CD  , 知识  我知道.
赞一下 回复此楼
6楼2010-09-30 11:39:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

made21

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
ptf1242(金币+1):谢谢参与
ptf1242(金币+1): 2010-09-30 13:43:30
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-30 14:23:37
ptf1242(金币+1):还是不会运行啊 2010-10-15 19:13:59
水的那个加一个命令-maxwarn 1就可以运行了，你可以试试
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-09-30 13:34:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
OK. I will try.
回复此楼
8楼2010-09-30 13:43:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ptf1242 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +5 炎黄贵胄 2026-08-22 6/300 2026-08-24 06:34 by sincosx
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭