应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了
81/1返回列表
查看: 873  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ptf1242

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了 已有2人参与

就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro  文件。结果是： File input/output error  ...

请问是哪里有问题？ 我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro  文件，就没法进行生成后面的tpr。

我晓得前面的水 ，甲醇 ，mixed那几个教程是没法运行的。但是听说 speptide 可以运行。但是就是有这个小问题。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-09-30 10:25:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-30 14:23:26
ptf1242(金币+1):蛮好 2010-10-15 19:13:34
引用回帖:
Originally posted by ptf1242 at 2010-09-30 10:25:47:
就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro  文件。结果是： File input/output error  ...

请问是哪里有问题？ 我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro  文 ...

.....你有没有打开你有初始PDB结构的路径，比如你的PDB文件在/HOME/XX下，之前你有没有cd /HOME/XX?
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-09-30 10:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
进入了.
回复此楼
3楼2010-09-30 11:34:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
生成不了top 和 gro  文件.
赞一下 回复此楼
4楼2010-09-30 11:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
我搜索整个文件系统，也没有speptide top 和 gro  的文件生成
赞一下 回复此楼
5楼2010-09-30 11:37:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
基本的CD  , 知识  我知道.
赞一下 回复此楼
6楼2010-09-30 11:39:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

made21

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
ptf1242(金币+1):谢谢参与
ptf1242(金币+1): 2010-09-30 13:43:30
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-30 14:23:37
ptf1242(金币+1):还是不会运行啊 2010-10-15 19:13:59
水的那个加一个命令-maxwarn 1就可以运行了，你可以试试
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-09-30 13:34:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ptf1242

金虫 (正式写手)
OK. I will try.
回复此楼
8楼2010-09-30 13:43:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ptf1242 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +4 share_joy 2026-03-16 4/200 2026-03-17 21:32 by hmn_wj
[考研] 268求调剂 +7 好运连绵不绝 2026-03-12 8/400 2026-03-17 20:28 by xilongliang
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 7/350 2026-03-17 19:09 by 捣蛋猪猪
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 8/400 2026-03-17 19:03 by Wangjingyue
[考研] 344求调剂 +4 knight344 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:27 by ruiyingmiao
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 302求调剂 +9 负心者当诛 2026-03-11 9/450 2026-03-17 17:13 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 271求调剂 +12 生如夏花… 2026-03-11 14/700 2026-03-17 10:56 by lovewei0727
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭