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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了
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ptf1242

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Gromacs 教程上speptide 运行不了 已有2人参与

就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro  文件。结果是： File input/output error  ...

请问是哪里有问题？ 我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro  文件，就没法进行生成后面的tpr。

我晓得前面的水 ，甲醇 ，mixed那几个教程是没法运行的。但是听说 speptide 可以运行。但是就是有这个小问题。
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1楼 2010-09-30 10:25:47
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-30 14:23:26
ptf1242(金币+1):蛮好 2010-10-15 19:13:34
引用回帖:
Originally posted by ptf1242 at 2010-09-30 10:25:47:
就是安装手册方法来，但是压根生成不了 top 和 gro  文件。结果是： File input/output error  ...

请问是哪里有问题？ 我用的是最新的gromacs版本，ubuntu 系统。也装了个gfortran等。生成不了top 和 gro  文 ...

.....你有没有打开你有初始PDB结构的路径，比如你的PDB文件在/HOME/XX下，之前你有没有cd /HOME/XX?
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2楼2010-09-30 10:42:35
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ptf1242

金虫 (正式写手)
进入了.
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3楼2010-09-30 11:34:40
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ptf1242

金虫 (正式写手)
生成不了top 和 gro  文件.
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4楼2010-09-30 11:35:24
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ptf1242

金虫 (正式写手)
我搜索整个文件系统，也没有speptide top 和 gro  的文件生成
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5楼2010-09-30 11:37:29
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ptf1242

金虫 (正式写手)
基本的CD  , 知识  我知道.
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6楼2010-09-30 11:39:22
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made21

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
ptf1242(金币+1):谢谢参与
ptf1242(金币+1): 2010-09-30 13:43:30
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-30 14:23:37
ptf1242(金币+1):还是不会运行啊 2010-10-15 19:13:59
水的那个加一个命令-maxwarn 1就可以运行了，你可以试试
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7楼2010-09-30 13:34:23
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ptf1242

金虫 (正式写手)
OK. I will try.
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8楼2010-09-30 13:43:41
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