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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助：请问Gromacs里如何添加SiO2？
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 求助：请问Gromacs里如何添加SiO2？

我看有文章用Gromacs里的CHARMM力场做了quartz层进行模拟。但是我不知道怎样操作？我照着一篇文献里的.pdb（单体）数据，添加原子类型，再把pdb里的residue添加到.rtp里，然后定义键和非键作用参数，用pdb2gmx能把pdb转成gro和top，可是用这个生成的gro单体进行genconf的时候，得到的是一些相互分离的单体（就像是一个个分子）。我感觉这应该是我没有定义单体和单体之间在boundary处的bond angle等信息，那篇文献里有给patch数据，是不是应该再用上patch数据？可是Gromacs里怎么样用patch呢？
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1楼 2015-01-22 09:11:46
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实验准备中

金虫 (小有名气)
百度一下有没有

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2015-01-28 19:00:32
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 实验准备中 at 2015-01-28 19:00:32
百度一下有没有

3楼2015-01-30 09:37:30
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