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CQUTC

金虫 (小有名气)

[求助] SiO2晶体的分子模拟 已有1人参与

请问一下,在使用ms对SiO2进行动力学模拟时,从库中导入晶胞参数 a=b=0.4913 nm, c=0.54052nm的SiO2后,在此基础上构建3×3×3 的超原胞,并保持晶胞参数 a=b=0.4913 nm, c=0.54052nm,为什么不能进行动力学模拟了,总是报错Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000    invoked from within"dynamics \
这是什么原因?谢谢
导入的SiO2和在此基础上构建的超晶胞如下:

SiO2晶体的分子模拟
360截图20140829121232859.jpg


SiO2晶体的分子模拟-1
360截图20140829121310015.jpg
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CQUTC

金虫 (小有名气)

我看了你找的帖子,但是没有找到我遇到的问题的解决方法,你能不能帮我找一下我的问题出在哪里?
2楼2014-08-29 15:36:50
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by CQUTC at 2014-08-29 15:36:50
我看了你找的帖子,但是没有找到我遇到的问题的解决方法,你能不能帮我找一下我的问题出在哪里?

你在跟木虫机器说话吗   
3楼2014-08-29 15:45:36
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CQUTC

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yuexiaoming at 2014-08-29 15:45:36
你在跟木虫机器说话吗   ...

弄错了,我还认为是虫友,你知道怎么做吗
4楼2014-08-29 15:53:32
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你用的是Discover模块对吧。
Discover--dynamics--more 中把Energy deviation调大一些,比如5万。
如果你是用Forcite模块,也可以类似地设置。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
5楼2014-08-29 15:55:07
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by CQUTC at 2014-08-29 15:53:32
弄错了,我还认为是虫友,你知道怎么做吗...

没做过这方面的模拟  我也是菜鸟  一起学习
6楼2014-08-29 19:15:15
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CQUTC

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-08-29 15:55:07
你用的是Discover模块对吧。
Discover--dynamics--more 中把Energy deviation调大一些,比如5万。
如果你是用Forcite模块,也可以类似地设置。

不行啊,那里面默认是5000,我将它设成1000或者更大都不行,我将它设小于5000也同样的报错。从库中导入的SiO2的 a=b=0.4913 nm, c=0.54052nm,我构建超晶胞后它的a=b=14.739nm,c=16.2156nm,论文上的意思是将构建超晶胞后的abc改为和导入时的一样,但是这样在分子动力学模拟时总是报错,如果我不改动,按照构建后的参数a=b=14.739nm,c=16.2156nm,这样的话在做分子动力学模拟时不会报错了,但是这样建的模型和别人论文上的就不同了,这如何是好呢?
7楼2014-08-30 09:53:30
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g0701zz

新虫 (初入文坛)

哪里可以导入啊?晶胞要自己画吗?
8楼2015-05-07 21:16:43
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g0701zz

新虫 (初入文坛)

晶胞 坐标是多少?si和o原子的
9楼2015-05-07 21:37:23
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juanjuan0618

铜虫 (小有名气)

请问怎么得到二氧化硅晶胞呀   你用的什么势能模型
10楼2015-10-22 11:01:21
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