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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟中，二氧化硅纳米粒子表面处理
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农岚沐

金虫 (小有名气)

[求助] 分子模拟中，二氧化硅纳米粒子表面处理

请教一下，在MS中，如何对纳米粒子进行表面处理，比如说，我得到一个二氧化硅纳米粒子（图一），这个粒子表面的硅原子有断裂的键，那么，我如何才能给这些硅原子加上羟基(-OH)（类似图二）？有没有相关的教程或者文献？

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我听不清，你大声点。
1楼 2013-03-09 17:14:00
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yida

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 赞！鼓励交流 2013-03-10 08:42:00
用氢封闭就可以吧，就是在切表面的或者build nanocluster时勾选上cap broken bonds with H。
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2楼2013-03-09 17:47:54
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农岚沐

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yida at 2013-03-09 17:47:54
用氢封闭就可以吧，就是在切表面的或者build nanocluster时勾选上cap broken bonds with H。

硅原子上的自由键不适合直接用氢封闭吧。
我是力学的，这个不是很懂，直接用氢封闭的具体原理麻烦简单讲一下。谢谢。
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我听不清，你大声点。
3楼2013-03-09 20:42:08
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clwl

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-10 08:42:27
首先选中所有的Si原子，第二步选出有不饱和键的Si原子，第三步进行自动加氢，第四步选中所有氢原子，第五步不所有的氢原子改为氧原子，第六步再次进行自动加氢
这样就能够给加上羟基(-OH)
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天道酬勤！！！
4楼2013-03-09 22:31:12
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yida

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:28:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by 农岚沐 at 2013-03-09 20:42:08
硅原子上的自由键不适合直接用氢封闭吧。
我是力学的，这个不是很懂，直接用氢封闭的具体原理麻烦简单讲一下。谢谢。...

看来我错了，但是关于氢封闭的原理我倒是看过，回复貌似不能传文件，你搜下吕鑫（厦门大学化学系） 的学位论文 簇—表面类比：金属氧化物簇模型探讨 ，里边有比较详细的介绍。
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5楼2013-03-10 08:56:09
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windy1991

木虫 (小有名气)

经年流转的希望
引用回帖:
4楼: Originally posted by clwl at 2013-03-09 22:31:12
首先选中所有的Si原子，第二步选出有不饱和键的Si原子，第三步进行自动加氢，第四步选中所有氢原子，第五步不所有的氢原子改为氧原子，第六步再次进行自动加氢
这样就能够给加上羟基(-OH)

那应该怎么选出不饱和键的Si原子呢？
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6楼2013-03-10 13:02:24
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clwl

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by windy1991 at 2013-03-10 13:02:24
那应该怎么选出不饱和键的Si原子呢？...

Si原子饱和是成4个键，不饱和的Si成键少于4个。
当你选中所有Si原子后，按照bond count进行选择，选出成键少于4个的Si原子

20130310ݐĸ3720.jpg
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天道酬勤！！！
7楼2013-03-10 14:37:16
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