24小时热门版块排行榜    

查看: 3460  |  回复: 5

liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

[求助] 耗散粒子动力学中珠子体积大小的不同

请教各位大牛,在DPD中能否实现所模拟的体系的珠子体积大小不同的模拟,另外对于使用DPD进行蛋白质的粗粒化研究中,蛋白质是按照什么样的原则进行粗粒化的?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
liulinlinyan(金币+1): 有帮助 谢谢您的建议! 2012-02-18 12:00:39
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:18:59
在MS的mesocite模块里计算dpd,用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-02-18 01:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mypeco at 2012-02-18 01:21:36:
在MS的mesocite模块里计算dpd,用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。

那么在获得其中的粒子间相互作用参数的时候,取的摩尔体积应该怎么取呀,是取各个珠子的平均吗,另外您了解可以对蛋白质进行DPD模拟方面的文献吗,可以进行推荐一下吗,查询了很长的时间,依然不能获知,请求您帮帮我!
3楼2012-02-18 12:02:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-19 08:30:17
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:19:34
liulinlinyan(金币+2): 有帮助 感谢您的帮助! 2012-02-20 11:46:00
可以取已知简单分子的体积作为参考,比如水分子是30,以此来定义每个珠子的体积来计算cut off distance。看看ms帮助里的关于mesocite和dpd计算的tutorial里面有比较详细的解释。
4楼2012-02-19 04:34:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦萍爽

新虫 (初入文坛)

你好,我现在也在学习DPD,但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢
5楼2012-09-12 19:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

darling1228

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 梦萍爽 at 2012-09-12 19:16:27
你好,我现在也在学习DPD,但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢

你好,请问你用过DPDmacs么,是一款基于Linux的源程序软件
6楼2013-10-31 20:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liulinlinyan 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] H口,面上,时间戳7月7日。 +3 plumage5 2026-07-15 3/150 2026-07-15 21:06 by 6543yes
[基金申请] 小木虫没落了,除了祈祷帖子,几乎看不到有价值的帖子 +13 botar 2026-07-14 14/700 2026-07-15 19:28 by 寒流32
[基金申请] 会评 +5 无名者登山 2026-07-15 5/250 2026-07-15 18:15 by 杠就是你对
[基金申请] 生生命学部会评 +3 wuke100666 2026-07-15 3/150 2026-07-15 17:11 by kingkocxr
[基金申请] E口会评 +11 布布和一二 2026-07-13 13/650 2026-07-15 16:34 by Kittylucky
[基金申请] E口青C会评结束了吗? 40+3 小小书虫c 2026-07-14 9/450 2026-07-15 16:04 by 安静的知了
[基金申请] 生命口C13面上会评时间 +6 luckinging 2026-07-14 9/450 2026-07-15 14:39 by 雨冰共舞
[教师之家] 内心匮乏 +13 水冰月月野兔 2026-07-12 13/650 2026-07-15 14:21 by jiduquegai
[文学芳草园] 你可曾有过这种感受? +3 Jeanya 2026-07-09 6/300 2026-07-15 11:07 by mbtwt
[论文投稿] 农业机械学报投稿周期 +3 G0DLIN 2026-07-14 7/350 2026-07-15 09:26 by xs74101122
[基金申请] 国自然面上D口祈祷 +4 monkeynana 2026-07-14 4/200 2026-07-15 09:14 by 白水煮
[论文投稿] 跨出版社商投稿 20+4 倪好520 2026-07-13 4/200 2026-07-15 08:35 by bobvan
[基金申请] 没收到消息,再次陪跑 +3 天空星辰fly 2026-07-14 3/150 2026-07-14 19:14 by 6543yes
[基金申请] 不要再数国自然申请书的 filecode 的分隔符个数了 +13 sadpencil 2026-07-12 20/1000 2026-07-14 13:12 by 杠就是你对
[基金申请] 明天E口面上会评 +8 布布和一二 2026-07-12 9/450 2026-07-13 22:59 by QTSorange
[论文投稿] MSER送审了还被拒稿 +4 S778950906 2026-07-08 6/300 2026-07-13 16:22 by tfang
[基金申请] 祈祷青基必中 50+6 hadengry 2026-07-09 16/800 2026-07-12 20:31 by 登山虫虫
[基金申请] 关于如何从代码看上不上会 +17 且听虎啸 2026-07-09 23/1150 2026-07-10 19:51 by sdfapple719
[有机交流] chemdraw 20+5 ?慕鱼? 2026-07-08 6/300 2026-07-10 15:37 by 紫枫星域
[考研] 在职考研 +6 wu5d 2026-07-08 7/350 2026-07-09 16:40 by 化工小霸王呀
信息提示
请填处理意见