应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 耗散粒子动力学中珠子体积大小的不同
61/1返回列表
查看: 3587  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

[求助] 耗散粒子动力学中珠子体积大小的不同

请教各位大牛，在DPD中能否实现所模拟的体系的珠子体积大小不同的模拟，另外对于使用DPD进行蛋白质的粗粒化研究中，蛋白质是按照什么样的原则进行粗粒化的？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-01-14 08:40:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
liulinlinyan(金币+1): ★有帮助 谢谢您的建议！ 2012-02-18 12:00:39
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:18:59
在MS的mesocite模块里计算dpd，用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liulinlinyan
2楼2012-02-18 01:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulinlinyan

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mypeco at 2012-02-18 01:21:36:
在MS的mesocite模块里计算dpd，用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。

那么在获得其中的粒子间相互作用参数的时候，取的摩尔体积应该怎么取呀，是取各个珠子的平均吗，另外您了解可以对蛋白质进行DPD模拟方面的文献吗，可以进行推荐一下吗，查询了很长的时间，依然不能获知，请求您帮帮我！
赞一下 回复此楼
3楼2012-02-18 12:02:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-19 08:30:17
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:19:34
liulinlinyan(金币+2): ★有帮助 感谢您的帮助！ 2012-02-20 11:46:00
可以取已知简单分子的体积作为参考，比如水分子是30，以此来定义每个珠子的体积来计算cut off distance。看看ms帮助里的关于mesocite和dpd计算的tutorial里面有比较详细的解释。
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-19 04:34:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦萍爽

新虫 (初入文坛)
你好，我现在也在学习DPD，但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢
赞一下 回复此楼
5楼2012-09-12 19:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

darling1228

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 梦萍爽 at 2012-09-12 19:16:27
你好，我现在也在学习DPD，但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢

你好，请问你用过DPDmacs么，是一款基于Linux的源程序软件
赞一下 回复此楼
6楼2013-10-31 20:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liulinlinyan 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:33 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:09 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:33 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:24 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:13 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:01 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:33 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:24 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭