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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？
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kf_zhl

铜虫 (初入文坛)

[求助] 动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？

我想用MS模拟高分子链的玻璃化转变温度，请问在做动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？默认的是出来温度、能量与时间的关系，那体积的能得到吗？
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1楼 2011-06-01 15:32:46
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wl1258

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kf_zhl(金币+5): 2011-06-08 09:38:19
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-08 16:18:47
想法很强大，不过那样会不会点太多了点？可以手动的具体到某一帧上取体积，再作图
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人生苦短，学不可怠
2楼2011-06-04 22:09:00
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-06-05 12:20:15
kf_zhl(金币+5): 2011-06-08 09:42:58
看你用什么代码吧
就我知道 一个叫做moldy的代码 如果跑NPT的计算 得到的输出文件中V是个变量（时间的函数），每步也有对应的能量之类，不知道是不是能够得到你想要的信息
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由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
3楼2011-06-04 23:33:10
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kf_zhl

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wl1258 at 2011-06-04 22:09:00:
想法很强大，不过那样会不会点太多了点？可以手动的具体到某一帧上取体积，再作图

好像工作量挺大的，我从.out文件中看到体积值了 还是谢谢了
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4楼2011-06-08 09:41:59
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kf_zhl

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by meixinqing at 2011-06-04 23:33:10:
看你用什么代码吧
就我知道 一个叫做moldy的代码 如果跑NPT的计算 得到的输出文件中V是个变量（时间的函数），每步也有对应的能量之类，不知道是不是能够得到你想要的信息

我也不知道什么代码 好像V随着时间会趋于稳定的吧？我从NPT输出的.out文件看到了体积值 但是没有变化趋势
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5楼2011-06-08 09:45:23
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-06-08 16:19:34
引用回帖:
Originally posted by kf_zhl at 2011-06-08 09:45:23:
我也不知道什么代码 好像V随着时间会趋于稳定的吧？我从NPT输出的.out文件看到了体积值 但是没有变化趋势

根据我的经验是：
如果是npt 那么体积会变
nvt 压力会变

随着时间都会趋于稳定 但是还是会在一定范围内波动
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kf_zhl
由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
6楼2011-06-08 11:14:33
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kf_zhl

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by meixinqing at 2011-06-08 11:14:33:
根据我的经验是：
如果是npt 那么体积会变
nvt 压力会变

随着时间都会趋于稳定 但是还是会在一定范围内波动

好的~谢谢啦
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7楼2011-06-09 10:40:12
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fm840301

新虫 (初入文坛)
楼主你好，我也在做和你一样的工作，能交流下吗？你的问题得到解决了吗？
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8楼2011-08-25 17:07:16
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lorna639

木虫 (著名写手)
引用回帖:
594054楼: Originally posted by kf_zhl at 2011-06-01 15:32:46
我想用MS模拟高分子链的玻璃化转变温度，请问在做动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？默认的是出来温度、能量与时间的关系，那体积的能得到吗？

"动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图",我也遇到了同样的问题，请问你是如何解决的，可以交流一下么？多谢~。
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9楼2012-06-18 09:54:48
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mimizong

新虫 (小有名气)
感兴趣+1
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10楼2012-06-19 18:58:30
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