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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？
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kf_zhl

铜虫 (初入文坛)

[求助] 动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？

我想用MS模拟高分子链的玻璃化转变温度，请问在做动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？默认的是出来温度、能量与时间的关系，那体积的能得到吗？
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1楼 2011-06-01 15:32:46
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kf_zhl

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by meixinqing at 2011-06-04 23:33:10:
看你用什么代码吧
就我知道 一个叫做moldy的代码 如果跑NPT的计算 得到的输出文件中V是个变量（时间的函数），每步也有对应的能量之类，不知道是不是能够得到你想要的信息

我也不知道什么代码 好像V随着时间会趋于稳定的吧？我从NPT输出的.out文件看到了体积值 但是没有变化趋势
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5楼2011-06-08 09:45:23
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wl1258

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kf_zhl(金币+5): 2011-06-08 09:38:19
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-08 16:18:47
想法很强大，不过那样会不会点太多了点？可以手动的具体到某一帧上取体积，再作图
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人生苦短，学不可怠
2楼2011-06-04 22:09:00
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-06-05 12:20:15
kf_zhl(金币+5): 2011-06-08 09:42:58
看你用什么代码吧
就我知道 一个叫做moldy的代码 如果跑NPT的计算 得到的输出文件中V是个变量（时间的函数），每步也有对应的能量之类，不知道是不是能够得到你想要的信息
赞一下(1人) 回复此楼
由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
3楼2011-06-04 23:33:10
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kf_zhl

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wl1258 at 2011-06-04 22:09:00:
想法很强大，不过那样会不会点太多了点？可以手动的具体到某一帧上取体积，再作图

好像工作量挺大的，我从.out文件中看到体积值了 还是谢谢了
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4楼2011-06-08 09:41:59
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