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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 耗散粒子动力学中珠子体积大小的不同
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liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

[求助] 耗散粒子动力学中珠子体积大小的不同

请教各位大牛，在DPD中能否实现所模拟的体系的珠子体积大小不同的模拟，另外对于使用DPD进行蛋白质的粗粒化研究中，蛋白质是按照什么样的原则进行粗粒化的？
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1楼 2012-01-14 08:40:05
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liulinlinyan

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mypeco at 2012-02-18 01:21:36:
在MS的mesocite模块里计算dpd，用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。

那么在获得其中的粒子间相互作用参数的时候，取的摩尔体积应该怎么取呀，是取各个珠子的平均吗，另外您了解可以对蛋白质进行DPD模拟方面的文献吗，可以进行推荐一下吗，查询了很长的时间，依然不能获知，请求您帮帮我！
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3楼2012-02-18 12:02:38
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mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
liulinlinyan(金币+1): ★有帮助 谢谢您的建议！ 2012-02-18 12:00:39
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:18:59
在MS的mesocite模块里计算dpd，用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。
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liulinlinyan
2楼2012-02-18 01:21:36
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mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-19 08:30:17
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:19:34
liulinlinyan(金币+2): ★有帮助 感谢您的帮助！ 2012-02-20 11:46:00
可以取已知简单分子的体积作为参考，比如水分子是30，以此来定义每个珠子的体积来计算cut off distance。看看ms帮助里的关于mesocite和dpd计算的tutorial里面有比较详细的解释。
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4楼2012-02-19 04:34:09
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梦萍爽

新虫 (初入文坛)
你好，我现在也在学习DPD，但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢
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5楼2012-09-12 19:16:27
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