24小时热门版块排行榜    

查看: 3539  |  回复: 5

liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

[求助] 耗散粒子动力学中珠子体积大小的不同

请教各位大牛,在DPD中能否实现所模拟的体系的珠子体积大小不同的模拟,另外对于使用DPD进行蛋白质的粗粒化研究中,蛋白质是按照什么样的原则进行粗粒化的?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
liulinlinyan(金币+1): 有帮助 谢谢您的建议! 2012-02-18 12:00:39
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:18:59
在MS的mesocite模块里计算dpd,用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-02-18 01:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mypeco at 2012-02-18 01:21:36:
在MS的mesocite模块里计算dpd,用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。

那么在获得其中的粒子间相互作用参数的时候,取的摩尔体积应该怎么取呀,是取各个珠子的平均吗,另外您了解可以对蛋白质进行DPD模拟方面的文献吗,可以进行推荐一下吗,查询了很长的时间,依然不能获知,请求您帮帮我!
3楼2012-02-18 12:02:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-19 08:30:17
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:19:34
liulinlinyan(金币+2): 有帮助 感谢您的帮助! 2012-02-20 11:46:00
可以取已知简单分子的体积作为参考,比如水分子是30,以此来定义每个珠子的体积来计算cut off distance。看看ms帮助里的关于mesocite和dpd计算的tutorial里面有比较详细的解释。
4楼2012-02-19 04:34:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦萍爽

新虫 (初入文坛)

你好,我现在也在学习DPD,但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢
5楼2012-09-12 19:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

darling1228

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 梦萍爽 at 2012-09-12 19:16:27
你好,我现在也在学习DPD,但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢

你好,请问你用过DPDmacs么,是一款基于Linux的源程序软件
6楼2013-10-31 20:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liulinlinyan 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +13 angus9576 2026-08-25 13/650 2026-08-25 18:24 by miguan3344
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 有没有大神帮我看看基金代码 28+3 1234567wang 2026-08-24 9/450 2026-08-25 16:51 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +20 羊腰板 2026-08-21 23/1150 2026-08-25 16:34 by zsna
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 +6 ziyangfang 2026-08-25 8/400 2026-08-25 16:28 by 宝贝的猪
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 什么时候开奖? +12 CrisMessi 2026-08-18 13/650 2026-08-25 14:40 by ZJTJZ
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
信息提示
请填处理意见