24小时热门版块排行榜    

查看: 3559  |  回复: 5

liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

[求助] 耗散粒子动力学中珠子体积大小的不同

请教各位大牛,在DPD中能否实现所模拟的体系的珠子体积大小不同的模拟,另外对于使用DPD进行蛋白质的粗粒化研究中,蛋白质是按照什么样的原则进行粗粒化的?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
liulinlinyan(金币+1): 有帮助 谢谢您的建议! 2012-02-18 12:00:39
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:18:59
在MS的mesocite模块里计算dpd,用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-02-18 01:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulinlinyan

铜虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by mypeco at 2012-02-18 01:21:36:
在MS的mesocite模块里计算dpd,用bead builder构造bead可以指定bead的半径。用独立的dpd模块没办法定义大小。

那么在获得其中的粒子间相互作用参数的时候,取的摩尔体积应该怎么取呀,是取各个珠子的平均吗,另外您了解可以对蛋白质进行DPD模拟方面的文献吗,可以进行推荐一下吗,查询了很长的时间,依然不能获知,请求您帮帮我!
3楼2012-02-18 12:02:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mypeco

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-19 08:30:17
chaizhm(金币+1): 2012-02-20 09:19:34
liulinlinyan(金币+2): 有帮助 感谢您的帮助! 2012-02-20 11:46:00
可以取已知简单分子的体积作为参考,比如水分子是30,以此来定义每个珠子的体积来计算cut off distance。看看ms帮助里的关于mesocite和dpd计算的tutorial里面有比较详细的解释。
4楼2012-02-19 04:34:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦萍爽

新虫 (初入文坛)

你好,我现在也在学习DPD,但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢
5楼2012-09-12 19:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

darling1228

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 梦萍爽 at 2012-09-12 19:16:27
你好,我现在也在学习DPD,但不知道它在哪个版本的linux下可以运行呢

你好,请问你用过DPDmacs么,是一款基于Linux的源程序软件
6楼2013-10-31 20:15:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liulinlinyan 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:52 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见