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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » sio2模型建立不正确
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lvubaby

木虫 (正式写手)

[求助] sio2模型建立不正确

不是材料专业，对二氧化硅的结构也不是很熟悉。按别人的过程，在lammps 中建立a晶体二氧化硅的结构，采用create_atoms命令生成原子坐标，可是生成的单元中Si原子与O原子的比例不是1:2啊。按下面的文件生成的结果是340个Si原子和675个O原子。求助各位大神帮忙帮忙解释一下，感激不尽。。。
units                    metal  
dimension       3
boundary        p p p
atom_style            charge

# Atom definition
lattice                    custom 5.4054 &
                        a1 0.9095 0.0000 0.0000 &
                    a2 -0.4547 0.7876 0.0000 &
                        a3 0.0000 0.0000 1.0000 &
                basis 0.4697 0.0000 0.0000 basis 0.0000 0.4697 0.6667 basis 0.5303 0.5303 0.3333 basis 0.4135 0.2669 0.1191 basis 0.2669 0.4135 0.5475 basis 0.7331 0.1466 0.7857 basis 0.5865 0.8534 0.2142 basis 0.8534 0.5865 0.4524 basis 0.1466 0.7331 0.8809

region                    simbox block 0 3 0 5 0 5 units lattice  

create_box            2 simbox  
create_atoms        1 box basis 1 1 basis 2 1 basis 3 1 &
                basis 4 2 basis 5 2 basis 6 2 &
                basis 7 2 basis 8 2 basis 9 2
mass                    1 28.0855
mass            2 15.9994                               

group           siliconatoms type 1                                
group           oxygenatoms type 2
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海风吹
1楼 2013-11-09 23:55:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
5楼: Originally posted by lvubaby at 2013-11-13 17:10:27
好的，我去试试，你是做分子模拟的么...

只是本科毕业课题做的分子模拟。。。。
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2013-11-14 08:05:10
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普通回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 感谢指导！ 2013-11-11 21:12:12
lvubaby: 金币+3, ★有帮助 2013-11-13 16:57:24
没用过lammps
不知道楼主有没有算 顶角=1/8，边=1/4，面=1/2
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-11-11 11:49:38
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lvubaby

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-11-11 11:49:38
没用过lammps
不知道楼主有没有算 顶角=1/8，边=1/4，面=1/2

我也不知道lammps内部是怎么计算原子数目的。。。。郁闷
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海风吹
3楼2013-11-13 16:57:17
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-15 09:49:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by lvubaby at 2013-11-13 16:57:17
我也不知道lammps内部是怎么计算原子数目的。。。。郁闷...

额 是程序自动显示的啊。。。那基本不会错。。。可以先建立1*1*1的数数看，然后再建立你这个超胞
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2013-11-13 17:04:27
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lvubaby

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2013-11-13 17:04:27
额 是程序自动显示的啊。。。那基本不会错。。。可以先建立1*1*1的数数看，然后再建立你这个超胞...

好的，我去试试，你是做分子模拟的么
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海风吹
5楼2013-11-13 17:10:27
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向东1988

金虫 (小有名气)
楼主用的是什么势函数啊，计算SiO2的时候？
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专业
6楼2013-11-13 18:57:48
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lvubaby

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 向东1988 at 2013-11-13 18:57:48
楼主用的是什么势函数啊，计算SiO2的时候？

bks

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2013-11-14 08:56:28
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向东1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lvubaby at 2013-11-14 08:56:28
bks
...

是用什么软件算的啊？Fortran编程的吗？
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专业
9楼2013-11-14 14:31:52
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lvubaby

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 向东1988 at 2013-11-14 14:31:52
是用什么软件算的啊？Fortran编程的吗？...

lammps啊
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海风吹
10楼2013-11-14 15:37:12
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