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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » SiO2晶体的分子模拟
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CQUTC

金虫 (小有名气)

[求助] SiO2晶体的分子模拟 已有1人参与

请问一下，在使用ms对SiO2进行动力学模拟时，从库中导入晶胞参数 a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm的SiO2后，在此基础上构建3×3×3 的超原胞，并保持晶胞参数 a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm，为什么不能进行动力学模拟了，总是报错Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000    invoked from within"dynamics \
这是什么原因？谢谢
导入的SiO2和在此基础上构建的超晶胞如下：

SiO2晶体的分子模拟
360截图20140829121232859.jpg


SiO2晶体的分子模拟-1
360截图20140829121310015.jpg
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1楼 2014-08-29 12:17:12
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CQUTC

金虫 (小有名气)
我看了你找的帖子，但是没有找到我遇到的问题的解决方法，你能不能帮我找一下我的问题出在哪里？
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2楼2014-08-29 15:36:50
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by CQUTC at 2014-08-29 15:36:50
我看了你找的帖子，但是没有找到我遇到的问题的解决方法，你能不能帮我找一下我的问题出在哪里？

你在跟木虫机器说话吗   
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3楼2014-08-29 15:45:36
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CQUTC

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yuexiaoming at 2014-08-29 15:45:36
你在跟木虫机器说话吗   ...

弄错了，我还认为是虫友，你知道怎么做吗
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4楼2014-08-29 15:53:32
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你用的是Discover模块对吧。
Discover--dynamics--more 中把Energy deviation调大一些，比如5万。
如果你是用Forcite模块，也可以类似地设置。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
5楼2014-08-29 15:55:07
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by CQUTC at 2014-08-29 15:53:32
弄错了，我还认为是虫友，你知道怎么做吗...

没做过这方面的模拟  我也是菜鸟  一起学习
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6楼2014-08-29 19:15:15
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CQUTC

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-08-29 15:55:07
你用的是Discover模块对吧。
Discover--dynamics--more 中把Energy deviation调大一些，比如5万。
如果你是用Forcite模块，也可以类似地设置。

不行啊，那里面默认是5000，我将它设成1000或者更大都不行，我将它设小于5000也同样的报错。从库中导入的SiO2的 a=b=0.4913 nm， c=0.54052nm，我构建超晶胞后它的a=b=14.739nm,c=16.2156nm,论文上的意思是将构建超晶胞后的abc改为和导入时的一样，但是这样在分子动力学模拟时总是报错，如果我不改动，按照构建后的参数a=b=14.739nm,c=16.2156nm，这样的话在做分子动力学模拟时不会报错了，但是这样建的模型和别人论文上的就不同了，这如何是好呢？
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7楼2014-08-30 09:53:30
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g0701zz

新虫 (初入文坛)
哪里可以导入啊？晶胞要自己画吗？
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8楼2015-05-07 21:16:43
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g0701zz

新虫 (初入文坛)
晶胞 坐标是多少？si和o原子的
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9楼2015-05-07 21:37:23
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juanjuan0618

铜虫 (小有名气)
请问怎么得到二氧化硅晶胞呀   你用的什么势能模型
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10楼2015-10-22 11:01:21
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