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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] MS粗粒化模型如何导入lammps 已有2人参与

如题,我在MS里建立聚合物的粗粒化模型,并用martini分配力场,但是不知道如何转化为lammps所需要的文件,请高手指教
本人做溶液环境下聚合物链的自组装,有几个问题请教(问题1,2,3,是同样的问题,我怕说不清楚所以分条说)
1. 做多条链的自组装,在MS里建粗粒化的聚合物链,是建一条链导入lammps,然后用命令可以建出多条链,
还是直接需要在MS里建多条链然后导入到lammps?
2. 关于溶液的问题,这个和问题1类似,比如我要建水分子的粗粒化,是只要建一个水珠子还是需要直接建N个水珠子再导入?
3. 在MS里分别建好各个分子,导入lammps,在lammps里组装,还是直接先在MS里组装好,粗粒化,再直接导入lammps?
4. 在MS里保存成什么文件类型,在哪里用什么命令转化?转化之后如何查看初始模型?
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

自己顶,请用过lammps做粗粒化动力学的高手指教
2楼2014-09-04 15:34:18
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wjl1314

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
赵红霞: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2014-09-09 09:03:56
建议可以仔细自学下lammps里面的moltemplate ,它可以帮助你
3楼2014-09-05 15:19:23
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by linwh at 2014-09-05 16:47:56
我也是刚接触lammps不久,也是用MS建模然后导入lammps,可以用VMD或lammps自带的工具msi2lmp

lammps自带的工具msi2lmp是针对全原子的吧

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2014-09-09 09:03:18
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青丘白浅

新虫 (初入文坛)

您好,楼主,我也在做粗粒化的问题,但是不知道怎么把粗粒化之后的粒子导入到lammps中,想请教一下您最后是怎么解决的?
8楼2017-12-01 20:31:21
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普通回帖

linwh

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我也是刚接触lammps不久,也是用MS建模然后导入lammps,可以用VMD或lammps自带的工具msi2lmp
4楼2014-09-05 16:47:56
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linwh

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-09 09:03:18
lammps自带的工具msi2lmp是针对全原子的吧...

这个我倒是没注意
6楼2014-09-11 16:12:51
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冷风中

金虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-09 09:03:18
lammps自带的工具msi2lmp是针对全原子的吧...

赵老师好,请问您最后是怎么导入lammps中的呢?感觉方法不少,但都好麻烦
7楼2017-02-18 22:37:06
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

9楼2017-12-03 10:32:48
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 青丘白浅 at 2017-12-01 20:31:21
您好,楼主,我也在做粗粒化的问题,但是不知道怎么把粗粒化之后的粒子导入到lammps中,想请教一下您最后是怎么解决的?

编程建模,这样的话就不能用具体的力场了,自己根据文献指定sigma 和 epson的值

发自小木虫IOS客户端
10楼2017-12-03 10:35:12
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