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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 关于DNA连接的纳米粒子自组装的分子动力学模拟，求交流和分享
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03010328

银虫 (正式写手)

[求助] 关于DNA连接的纳米粒子自组装的分子动力学模拟，求交流和分享 已有1人参与

本人所选课题暂定“模拟基于DNA连接的纳米粒子的自组装”，由于各种困难，包括构建合适的DNA粗粒化模型，这个研究方向在学术界一直都进展缓慢，主要是以实验为主，并且绝大数工作都依赖于美国西北大学著名的C. A. Mirkin教授的研究团队，一直到2011年，美国爱荷华州立大学的A. Travesset教授和C. Knorowski教授与路易斯安那州立大学的S. Burleigh合作才正式开启了此研究方向的里程碑，他们的研究成果发表在PRL期刊上："Dynamics and Statics of DNA-Programmable Nanoparticle Self-Assembly and Crystallization", C. Knorowski, S. Burleigh and A. Travesset, Phys. Rev. Lett. 106, 215501 (2011)
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梦のしずく
1楼 2013-09-06 17:34:35
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03010328

银虫 (正式写手)
A. Travesset教授的研究团队主要对基于DNA直接连接的两种不同类型的纳米粒子自组装进行了模拟，并且只是单一的从较小的模拟体系(N=54)以及唯一的晶格(CsCl)出发，从均方位移、配分函数、静态结构因子等一系列进行了分析，获得了跟实验近似的结果。2012年，在A. Travesset教授和C. A. Mirkin教授的帮助下，西北大学Monica Olvera de la Cruz教授的研究团队对Travesset团队的DNA粗粒化模型进行了升级，模型变得更为复杂，但是精准度也相应提升，模拟体系不仅扩大到了256，同时晶格也扩大到Bcc、CsCl、AlB2、Cr3Si和Cs6C60，更为重要的是他们提出了三个关键的控制参数，并且绘制了相对较为准确的相图，研究成果发表在Nano Lett期刊上：Li, T. I. N. G.; Sknepnek, R.; Macfarlane, R. J.; Mirkin, C. A.;
Olvera de la Cruz, M. Nano Lett. 2012 , 12 , 2509 −2514；随后不久，就在同一年，Travesset教授所带领的研究团队又对晶格的形成过程进行了精准分析，研究成果发表在Soft Matter期刊上：Knorowski, C.; Travesset, A. Soft Matter2012 , 8, 12053 −12059;2013年，Monica Olvera de la Cruz教授的研究团队将最新的研究成果发表在美国化学会志JACS期刊上：Ting I. N. Li, Rastko Sknepnek, Monica Olvera de la Cruz, JACS 135, 23 (2013)。
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梦のしずく
3楼2013-09-06 17:58:40
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03010328

银虫 (正式写手)
因为我所看的两个课题组的研究成果都是利用分子动力学模拟的，而我上学期所了解的也是分子动力学，所以我期望得到热心人更多的帮助。
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梦のしずく
2楼2013-09-06 17:38:17
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03010328

银虫 (正式写手)
通过仔细阅读这两个课题组的文献，发现还有一些地方他们没有涉及，现在我要开始自己的工作了，但是最让我头疼的是现在分子动力学程序的编写，因为网上找不到开源代码，这个问题一直纠结了我一个暑假，很是痛苦，希望有志同道合的人相互交流，最好有资源共享。
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梦のしずく
4楼2013-09-06 18:01:28
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huterx

金虫 (小有名气)
我也关注这个方向 楼主怎么样了
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5楼2013-11-22 14:21:06
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huterx

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huterx at 2013-11-22 14:21:06
我也关注这个方向 楼主怎么样了

这个要是自己编写的话难度很大啊。。。
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6楼2013-11-22 20:20:07
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 03010328 at 2013-09-06 18:01:28
通过仔细阅读这两个课题组的文献，发现还有一些地方他们没有涉及，现在我要开始自己的工作了，但是最让我头疼的是现在分子动力学程序的编写，因为网上找不到开源代码，这个问题一直纠结了我一个暑假，很是痛苦，希望 ...

分子动力学开源的代码很多啊，lammps, gromacs, dl_poly, espresso,……，你怎么会找不到？
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7楼2013-11-23 09:49:02
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
03010328: 金币+3, ★有帮助, 谢谢！ 2013-11-25 09:15:08
引用回帖:
7楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-23 09:49:02
分子动力学开源的代码很多啊，lammps, gromacs, dl_poly, espresso,……，你怎么会找不到？...

还有专门的DNA粗粒化模型程序包 OxDNA， https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page
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8楼2013-11-23 10:02:57
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by huterx at 2013-11-22 20:20:07
这个要是自己编写的话难度很大啊。。。...

正在写程序，遇到一些非常棘手的问题。
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梦のしずく
9楼2013-11-23 16:53:11
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-23 10:02:57
还有专门的DNA粗粒化模型程序包 OxDNA， https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page...

自己当初选的，自己建模，自己写代码，现在棘手的问题太多了。
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梦のしずく
10楼2013-11-23 16:56:17
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