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03010328

银虫 (正式写手)

[求助] 关于DNA连接的纳米粒子自组装的分子动力学模拟,求交流和分享 已有1人参与

本人所选课题暂定“模拟基于DNA连接的纳米粒子的自组装”,由于各种困难,包括构建合适的DNA粗粒化模型,这个研究方向在学术界一直都进展缓慢,主要是以实验为主,并且绝大数工作都依赖于美国西北大学著名的C. A. Mirkin教授的研究团队,一直到2011年,美国爱荷华州立大学的A. Travesset教授和C. Knorowski教授与路易斯安那州立大学的S. Burleigh合作才正式开启了此研究方向的里程碑,他们的研究成果发表在PRL期刊上:"Dynamics and Statics of DNA-Programmable Nanoparticle Self-Assembly and Crystallization", C. Knorowski, S. Burleigh and A. Travesset, Phys. Rev. Lett. 106, 215501 (2011)
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梦のしずく
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 03010328 at 2013-09-06 18:01:28
通过仔细阅读这两个课题组的文献,发现还有一些地方他们没有涉及,现在我要开始自己的工作了,但是最让我头疼的是现在分子动力学程序的编写,因为网上找不到开源代码,这个问题一直纠结了我一个暑假,很是痛苦,希望 ...

分子动力学开源的代码很多啊,lammps, gromacs, dl_poly, espresso,……,你怎么会找不到?
7楼2013-11-23 09:49:02
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
03010328: 金币+3, 有帮助, 谢谢! 2013-11-25 09:15:08
引用回帖:
7楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-23 09:49:02
分子动力学开源的代码很多啊,lammps, gromacs, dl_poly, espresso,……,你怎么会找不到?...

还有专门的DNA粗粒化模型程序包 OxDNA, https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page
8楼2013-11-23 10:02:57
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