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03010328

银虫 (正式写手)

[求助] 关于DNA连接的纳米粒子自组装的分子动力学模拟,求交流和分享 已有1人参与

本人所选课题暂定“模拟基于DNA连接的纳米粒子的自组装”,由于各种困难,包括构建合适的DNA粗粒化模型,这个研究方向在学术界一直都进展缓慢,主要是以实验为主,并且绝大数工作都依赖于美国西北大学著名的C. A. Mirkin教授的研究团队,一直到2011年,美国爱荷华州立大学的A. Travesset教授和C. Knorowski教授与路易斯安那州立大学的S. Burleigh合作才正式开启了此研究方向的里程碑,他们的研究成果发表在PRL期刊上:"Dynamics and Statics of DNA-Programmable Nanoparticle Self-Assembly and Crystallization", C. Knorowski, S. Burleigh and A. Travesset, Phys. Rev. Lett. 106, 215501 (2011)
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梦のしずく
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
03010328: 金币+3, 有帮助, 谢谢! 2013-11-25 09:15:08
引用回帖:
7楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-23 09:49:02
分子动力学开源的代码很多啊,lammps, gromacs, dl_poly, espresso,……,你怎么会找不到?...

还有专门的DNA粗粒化模型程序包 OxDNA, https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page
8楼2013-11-23 10:02:57
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查看全部 16 个回答

03010328

银虫 (正式写手)

因为我所看的两个课题组的研究成果都是利用分子动力学模拟的,而我上学期所了解的也是分子动力学,所以我期望得到热心人更多的帮助。
梦のしずく
2楼2013-09-06 17:38:17
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03010328

银虫 (正式写手)

A. Travesset教授的研究团队主要对基于DNA直接连接的两种不同类型的纳米粒子自组装进行了模拟,并且只是单一的从较小的模拟体系(N=54)以及唯一的晶格(CsCl)出发,从均方位移、配分函数、静态结构因子等一系列进行了分析,获得了跟实验近似的结果。2012年,在A. Travesset教授和C. A. Mirkin教授的帮助下,西北大学Monica Olvera de la Cruz教授的研究团队对Travesset团队的DNA粗粒化模型进行了升级,模型变得更为复杂,但是精准度也相应提升,模拟体系不仅扩大到了256,同时晶格也扩大到Bcc、CsCl、AlB2、Cr3Si和Cs6C60,更为重要的是他们提出了三个关键的控制参数,并且绘制了相对较为准确的相图,研究成果发表在Nano Lett期刊上:Li, T. I. N. G.; Sknepnek, R.; Macfarlane, R. J.; Mirkin, C. A.;
Olvera de la Cruz, M. Nano Lett. 2012 , 12 , 2509 −2514
;随后不久,就在同一年,Travesset教授所带领的研究团队又对晶格的形成过程进行了精准分析,研究成果发表在Soft Matter期刊上:Knorowski, C.; Travesset, A. Soft Matter2012 , 8, 12053 −12059;2013年,Monica Olvera de la Cruz教授的研究团队将最新的研究成果发表在美国化学会志JACS期刊上:Ting I. N. Li, Rastko Sknepnek, Monica Olvera de la Cruz, JACS 135, 23 (2013)
梦のしずく
3楼2013-09-06 17:58:40
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03010328

银虫 (正式写手)

通过仔细阅读这两个课题组的文献,发现还有一些地方他们没有涉及,现在我要开始自己的工作了,但是最让我头疼的是现在分子动力学程序的编写,因为网上找不到开源代码,这个问题一直纠结了我一个暑假,很是痛苦,希望有志同道合的人相互交流,最好有资源共享。
梦のしずく
4楼2013-09-06 18:01:28
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