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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 怎样把material studio中sio2的模型数据导入lammps中
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amtili

银虫 (小有名气)

[交流] 怎样把material studio中sio2的模型数据导入lammps中 已有6人参与

如题，我知道相关的步骤，在ms中建模（单晶体），进行cvff力的计算，然后导出car文件，然后用命令行转为data文件。
问题是这样操作后的data文件中就有4种原子类型，1,2是si，3,4是氧，在in文件读入数据的时候就会报错，我该怎么处理data，还有相应的in文件该怎么处理？
求指导啊！

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向东1988

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1楼 2012-12-07 00:38:12
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xinmaoqin

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-07 10:51:51
相应的在in文件中create_atoms 创建四种原子类型，前两种为Si后两种为O
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2楼2012-12-07 10:47:11
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amtili

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xinmaoqin at 2012-12-07 10:47:11
相应的在in文件中create_atoms 创建四种原子类型，前两种为Si后两种为O

4 atom types
  
     0.000000000    49.130000000 xlo xhi
     0.000000000    49.130000000 ylo yhi
     0.000000000    10.810400000 zlo zhi

Masses

   1  15.999400
   2  15.999400
   3  28.086000
   4  28.086000

这个是data中的，那么我在in文件该怎么写呢？box和原子类型都在这儿定义了啊，求详细指导
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3楼2012-12-07 21:25:24
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xinmaoqin

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-08 19:17:16
你试试create_atoms 1 box
         create_atoms 2 box
         create_atoms 3 box
         create_atoms 4 box 行不
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4楼2012-12-08 17:14:52
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amtili

银虫 (小有名气)
嗯 好的 我明天尝试下

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2012-12-09 00:44:21
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:39:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by amtili at 2012-12-07 21:25:24
4 atom types
  
     0.000000000    49.130000000 xlo xhi
     0.000000000    49.130000000 ylo yhi
     0.000000000    10.810400000 zlo zhi

Masses

   1  15.999400
   2  15.999400
   3  28 ...

直接用read_data读不就可以了， 在in文件里就不用再写啦。。

另外，既然是读取数据文件，就不应该再用另外create atom
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6楼2012-12-11 21:07:13
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by amtili at 2012-12-07 21:25:24
4 atom types
  
     0.000000000    49.130000000 xlo xhi
     0.000000000    49.130000000 ylo yhi
     0.000000000    10.810400000 zlo zhi

Masses

   1  15.999400
   2  15.999400
   3  28 ...

你导出data文件时怎么是4种原子，怎么设置的，我的铁水三体摩擦导出就只有3种原子
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7楼2013-04-10 10:10:06
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向东1988

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
楼主用的什么势函数啊，计算SiO2的时候？
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专业
8楼2013-11-13 16:57:36
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-11 21:07:13
直接用read_data读不就可以了， 在in文件里就不用再写啦。。

另外，既然是读取数据文件，就不应该再用另外create atom...

你好  请问用石英的单晶结构   怎样建立晶体呢   请指点下 谢谢了呀
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9楼2014-10-15 19:28:33
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g0701zz

新虫 (初入文坛)
怎么画的，求教！
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10楼2015-05-07 21:06:53
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