应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 怎样把material studio中sio2的模型数据导入lammps中
101/1返回列表
查看: 4175  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

amtili

银虫 (小有名气)

[交流] 怎样把material studio中sio2的模型数据导入lammps中 已有6人参与

如题，我知道相关的步骤，在ms中建模（单晶体），进行cvff力的计算，然后导出car文件，然后用命令行转为data文件。
问题是这样操作后的data文件中就有4种原子类型，1,2是si，3,4是氧，在in文件读入数据的时候就会报错，我该怎么处理data，还有相应的in文件该怎么处理？
求指导啊！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

向东1988

» 猜你喜欢
1楼 2012-12-07 00:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinmaoqin

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-07 10:51:51
相应的在in文件中create_atoms 创建四种原子类型，前两种为Si后两种为O
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-07 10:47:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amtili

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xinmaoqin at 2012-12-07 10:47:11
相应的在in文件中create_atoms 创建四种原子类型，前两种为Si后两种为O

4 atom types
  
     0.000000000    49.130000000 xlo xhi
     0.000000000    49.130000000 ylo yhi
     0.000000000    10.810400000 zlo zhi

Masses

   1  15.999400
   2  15.999400
   3  28.086000
   4  28.086000

这个是data中的，那么我在in文件该怎么写呢？box和原子类型都在这儿定义了啊，求详细指导
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-07 21:25:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinmaoqin

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-08 19:17:16
你试试create_atoms 1 box
         create_atoms 2 box
         create_atoms 3 box
         create_atoms 4 box 行不
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-08 17:14:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amtili

银虫 (小有名气)
嗯 好的 我明天尝试下

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-09 00:44:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ddll_slsl

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:39:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by amtili at 2012-12-07 21:25:24
4 atom types
  
     0.000000000    49.130000000 xlo xhi
     0.000000000    49.130000000 ylo yhi
     0.000000000    10.810400000 zlo zhi

Masses

   1  15.999400
   2  15.999400
   3  28 ...

直接用read_data读不就可以了， 在in文件里就不用再写啦。。

另外，既然是读取数据文件，就不应该再用另外create atom
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-11 21:07:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangwenbin99

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by amtili at 2012-12-07 21:25:24
4 atom types
  
     0.000000000    49.130000000 xlo xhi
     0.000000000    49.130000000 ylo yhi
     0.000000000    10.810400000 zlo zhi

Masses

   1  15.999400
   2  15.999400
   3  28 ...

你导出data文件时怎么是4种原子，怎么设置的，我的铁水三体摩擦导出就只有3种原子
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-10 10:10:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向东1988

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
楼主用的什么势函数啊，计算SiO2的时候？
赞一下 回复此楼
专业
8楼2013-11-13 16:57:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangfei天空

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-11 21:07:13
直接用read_data读不就可以了， 在in文件里就不用再写啦。。

另外，既然是读取数据文件，就不应该再用另外create atom...

你好  请问用石英的单晶结构   怎样建立晶体呢   请指点下 谢谢了呀
赞一下 回复此楼
9楼2014-10-15 19:28:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

g0701zz

新虫 (初入文坛)
怎么画的，求教！
回复此楼
10楼2015-05-07 21:06:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 amtili 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +6 myrtle 2026-08-26 9/450 2026-09-02 20:03 by 大飞鱼鱼鱼
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +14 Kittylucky 2026-08-27 15/750 2026-09-02 19:35 by liumei0601
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题 +7 瞬息宇宙 2026-09-01 14/700 2026-09-02 17:33 by ma0526
[基金申请] 要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭