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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 粗粒化模型建模之后分配力场问题 已有1人参与

各位,本人想模拟溶液粒子与聚合物的相互作用,聚合物想采用粗粒化模型,因此,溶液也粗粒化,先利用Amorphous Cell

建好溶液盒子,然后粗粒化,完之后就得分配力场了,问题来了,在分配力场之前,得先选中吧,如果是全原子粒子,直接

Edit/Atom selection就可以根据元素名称、等选中粒子,然后赋予力场。但是对于粗粒化,此法行不通,find patterns也不行。

总不能一个一个地点吧,各位大侠,请问如何选中,或者如何赋予力场呢?
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
赵红霞: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 已经找到解决办法了,但是感谢你给我文献 2014-06-10 08:19:40
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-06-17 15:33:59
基于Martini力场架构的响应性聚合物刷的粗粒化分子模拟
http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10561-1012451446.htm
表面活性剂溶液行为的粗粒化模拟
http://www.doc88.com/p-949564828275.html
3楼2014-06-09 17:05:59
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:34:08
《软物质的计算机模拟与理论方法》(21世纪计算机化学丛书)(精)
4楼2014-06-09 17:09:51
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普通回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

我上图吧
图一为全原子模型时可以再Edit/Atom selection里选择。
图二为建立的粗粒化溶液盒子
粗粒化模型建模之后分配力场问题
1.png


粗粒化模型建模之后分配力场问题-1
2.png

2楼2014-06-09 16:59:09
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhenwuhuang at 2014-06-09 17:09:51
《软物质的计算机模拟与理论方法》(21世纪计算机化学丛书)(精)

多谢
5楼2014-06-10 16:47:48
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qq364085265

金虫 (著名写手)

送红花一朵
你好,请问您能帮我回答这些问题么
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7563268#robot
我也是做介观模拟,想请教您,能加Q交流么?》
6楼2014-06-21 19:29:17
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

内容已删除

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7楼2014-06-22 14:37:48
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qq364085265

金虫 (著名写手)

送红花一朵
内容已删除
8楼2014-06-22 18:25:17
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venulove

新虫 (初入文坛)

有大神能帮忙解答现有参数怎么加入到力场里面
9楼2015-12-22 16:06:23
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quzhou307

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-22 14:37:48
我也是刚刚开始,加Q没问题,但是还不能回答问题,我怕误导你,我以前做小分子的,最近在摸索,总觉得粗粒化不准。你Q?...

你好,我刚开始接触介观模拟,想请教您,可以加您QQ吗?
10楼2016-09-13 16:18:33
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