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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求质心，粗粒化后的参数获取
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Leliel

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求质心，粗粒化后的参数获取

我在用martini力场做粗粒化，需要对几个原子求其质心，并对其粗粒化后的模型做一些求健长，键角，二面角之类的计算，请问这些可以在gromacs上运用指令完成么？谢谢！
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God‘s in his heaven，all's right with the world。
1楼2013-07-30 16:08:59
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

你先问的问题都属于建模的，所以我回复的内容都是VMD 的命令，推荐你仔细研究一下VMD 的应用。
VMD 就有通过全原子模型转换成粗粒化模型的功能。


gromacs 可以直接使用martini 力场的 ，martini 是个比较成熟的粗粒化模型的力场
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4楼2013-07-30 20:35:19
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-07-30 16:25:41
用vmd可以：
比如你需要原子序列为1 2 3 4 的四个粗粒化原子求质心

set sel
set center ]
这样就输出了这是个原子的质心

要求粗粒化之后的原子之间的键长，键角，二面角，也可以用measure 命令
比如求原 ...

还是想问一下，我在看vmd的tutorial时发现上面说的关于原子的编号时，是从零开始的，那应该和pdb或者gro都不一样，我想问一下我在载入gro的文件后，对其进行质心求算，那么对于原子序列（在top文件中的编号为1234），那么是不是应该是0 1 2 3呢？谢谢！！
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6楼2013-07-31 16:59:15
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
同问：
gromacs是怎么直接使用martini力场的？
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10楼2014-06-27 08:52:43
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jiaoyixiong

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Leliel: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-31 09:33:08
用vmd可以：
比如你需要原子序列为1 2 3 4 的四个粗粒化原子求质心

set sel [atomselect top "serial 1 2 3 4"]
set center [measure center $sel weight mass]]
这样就输出了这是个原子的质心

要求粗粒化之后的原子之间的键长，键角，二面角，也可以用measure 命令
比如求原子 1 2 之间的键长：
set bond [list 0 1]
set bondLength [measure bond $bond]
这样就输出了键长，但是注意，VMD 输出的长度单位是埃米，gromacs的是纳米
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2楼2013-07-30 16:25:41
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-07-30 16:25:41
用vmd可以：
比如你需要原子序列为1 2 3 4 的四个粗粒化原子求质心

set sel
set center ]
这样就输出了这是个原子的质心

要求粗粒化之后的原子之间的键长，键角，二面角，也可以用measure 命令
比如求原 ...

谢谢你，那如果我是想要把一个几百个原子规模的生物大分子粗粒化，如果每个求质心的分区都是固定的，有没有一种方法可以一下子这些坐标都求出？还是说要手动= =
另外我在看到关于相关文献上记载可以通过对全原子模拟的数据，得到的是xx（bond或者angle等）的distribution function，然后将其参数与一开始粗粒化得到的进行迭代获得refine后的参数，请问这个过程你了解么？
最后，以上的指令，是不是都是关于vmd的啊？你说用measure命令，是Gromacs的么？我是新手，不是太懂~谢谢啦~
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3楼2013-07-30 16:35:57
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-07-30 20:35:19
你先问的问题都属于建模的，所以我回复的内容都是VMD 的命令，推荐你仔细研究一下VMD 的应用。
VMD 就有通过全原子模型转换成粗粒化模型的功能。


gromacs 可以直接使用martini 力场的 ，martini 是个比较成熟 ...

嗯，我是用的martini力场，不过我想用其方法来做一下他们还没有做过的模型，所以需要自己建模...嗯，好的，我先去看看vmd的应用！谢谢帮助！
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5楼2013-07-31 09:34:28
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Leliel at 2013-07-31 16:59:15
还是想问一下，我在看vmd的tutorial时发现上面说的关于原子的编号时，是从零开始的，那应该和pdb或者gro都不一样，我想问一下我在载入gro的文件后，对其进行质心求算，那么对于原子序列（在top文件中的编号为1234） ...

请搞清楚VMD 命令中的几个概念：
serial
index
resid
resname
segname
name
chain

你的疑问
pdb 和gro 文件中的 原子序列都是从1开始计的，即vmd中的serial
在VMD 中原子的index 是从0 开始计的
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7楼2013-07-31 20:02:53
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-07-30 20:35:19
你先问的问题都属于建模的，所以我回复的内容都是VMD 的命令，推荐你仔细研究一下VMD 的应用。
VMD 就有通过全原子模型转换成粗粒化模型的功能。


gromacs 可以直接使用martini 力场的 ，martini 是个比较成熟 ...

我想问下，gromacs是怎么直接使用martini力场的，谢谢阿
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我有我世界。。。
8楼2014-06-25 20:27:03
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Leliel at 2013-07-31 09:34:28
嗯，我是用的martini力场，不过我想用其方法来做一下他们还没有做过的模型，所以需要自己建模...嗯，好的，我先去看看vmd的应用！谢谢帮助！...

我想问下martini是如何使用的，谢谢阿
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我有我世界。。。
9楼2014-06-25 20:27:34
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