| 查看: 2235 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
求质心，粗粒化后的参数获取
|
|||
| 我在用martini力场做粗粒化，需要对几个原子求其质心，并对其粗粒化后的模型做一些求健长，键角，二面角之类的计算，请问这些可以在gromacs上运用指令完成么？谢谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 xuexijisuan |
» 猜你喜欢
真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗
已经有8人回复
-
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有5人回复
-
论文投稿，期刊推荐
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有4人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有14人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
求助水分子的粗粒化力场参数，3个4个水分子的都行
已经有6人回复
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 6181.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1540
- 在线: 698.9小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
10楼2014-06-27 08:52:43
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Leliel: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-31 09:33:08
感谢参与，应助指数 +1
Leliel: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-31 09:33:08
|
用vmd可以： 比如你需要原子序列为1 2 3 4 的四个粗粒化原子求质心 set sel [atomselect top "serial 1 2 3 4"] set center [measure center $sel weight mass]] 这样就输出了这是个原子的质心 要求粗粒化之后的原子之间的键长，键角，二面角，也可以用measure 命令 比如求原子 1 2 之间的键长： set bond [list 0 1] set bondLength [measure bond $bond] 这样就输出了键长，但是注意，VMD 输出的长度单位是埃米，gromacs的是纳米 |
2楼2013-07-30 16:25:41
3楼2013-07-30 16:35:57
4楼2013-07-30 20:35:19