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Leliel

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求质心,粗粒化后的参数获取

我在用martini力场做粗粒化,需要对几个原子求其质心,并对其粗粒化后的模型做一些求健长,键角,二面角之类的计算,请问这些可以在gromacs上运用指令完成么?谢谢!
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God‘s in his heaven,all's right with the world。
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xxj9618

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-07-30 20:35:19
你先问的问题都属于建模的,所以我回复的内容都是VMD 的命令,推荐你仔细研究一下VMD 的应用。
VMD 就有通过全原子模型转换成粗粒化模型的功能。


gromacs 可以直接使用martini 力场的 ,martini 是个比较成熟 ...

我想问下,gromacs是怎么直接使用martini力场的,谢谢阿
我有我世界。。。
8楼2014-06-25 20:27:03
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xxj9618

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Leliel at 2013-07-31 09:34:28
嗯,我是用的martini力场,不过我想用其方法来做一下他们还没有做过的模型,所以需要自己建模...嗯,好的,我先去看看vmd的应用!谢谢帮助!...

我想问下martini是如何使用的,谢谢阿
我有我世界。。。
9楼2014-06-25 20:27:34
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