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求质心，粗粒化后的参数获取
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| 我在用martini力场做粗粒化，需要对几个原子求其质心，并对其粗粒化后的模型做一些求健长，键角，二面角之类的计算，请问这些可以在gromacs上运用指令完成么？谢谢！ |
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 xuexijisuan |
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xxj9618
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
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- 专业: 生物医用高分子材料
9楼2014-06-25 20:27:34
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Leliel: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-31 09:33:08
感谢参与，应助指数 +1
Leliel: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-31 09:33:08
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用vmd可以： 比如你需要原子序列为1 2 3 4 的四个粗粒化原子求质心 set sel [atomselect top "serial 1 2 3 4"] set center [measure center $sel weight mass]] 这样就输出了这是个原子的质心 要求粗粒化之后的原子之间的键长，键角，二面角，也可以用measure 命令 比如求原子 1 2 之间的键长： set bond [list 0 1] set bondLength [measure bond $bond] 这样就输出了键长，但是注意，VMD 输出的长度单位是埃米，gromacs的是纳米 |
2楼2013-07-30 16:25:41
3楼2013-07-30 16:35:57
4楼2013-07-30 20:35:19