| 查看: 2735 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
求质心，粗粒化后的参数获取
|
|||
| 我在用martini力场做粗粒化，需要对几个原子求其质心，并对其粗粒化后的模型做一些求健长，键角，二面角之类的计算，请问这些可以在gromacs上运用指令完成么？谢谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 xuexijisuan |
» 猜你喜欢
国自然评审意见
已经有8人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有12人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助水分子的粗粒化力场参数，3个4个水分子的都行
已经有6人回复
4楼2013-07-30 20:35:19
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Leliel: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-31 09:33:08
感谢参与，应助指数 +1
Leliel: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-07-31 09:33:08
|
用vmd可以： 比如你需要原子序列为1 2 3 4 的四个粗粒化原子求质心 set sel [atomselect top "serial 1 2 3 4"] set center [measure center $sel weight mass]] 这样就输出了这是个原子的质心 要求粗粒化之后的原子之间的键长，键角，二面角，也可以用measure 命令 比如求原子 1 2 之间的键长： set bond [list 0 1] set bondLength [measure bond $bond] 这样就输出了键长，但是注意，VMD 输出的长度单位是埃米，gromacs的是纳米 |
2楼2013-07-30 16:25:41
3楼2013-07-30 16:35:57
5楼2013-07-31 09:34:28
投票:
30