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【求助】关于LAMMPS建模
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各位版主、大神： 你们好。我想问几个关于LAMMPS建模的基本问题。我知道可能有点简单，但我真的是认真查看过Manual中相关的命令说明之后，仍有一些疑问。我自己想了很久，也问过很多人，但是还是没有解决。 命令来自一个很基础的LAMMPS例子，该例子的全部命令如下： # Find minimum energy fcc configuration # Mark Tschopp, 2010 # ---------- Initialize Simulation --------------------- clear units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic atom_modify map array # ---------- Create Atoms --------------------- lattice fcc 4 region box block 0 1 0 1 0 1 units lattice create_box 1 box lattice fcc 4 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 create_atoms 1 box replicate 1 1 1 # ---------- Define Interatomic Potential --------------------- pair_style eam/alloy pair_coeff * * Al99.eam.alloy Al neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 10 check yes # ---------- Define Settings --------------------- compute eng all pe/atom compute eatoms all reduce sum c_eng # ---------- Run Minimization --------------------- reset_timestep 0 fix 1 all box/relax iso 0.0 vmax 0.001 thermo 10 thermo_style custom step pe lx ly lz press pxx pyy pzz c_eatoms min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 variable natoms equal "count(all)" variable teng equal "c_eatoms" variable length equal "lx" variable ecoh equal "v_teng/v_natoms" print "Total energy (eV) = ${teng};" print "Number of atoms = ${natoms};" print "Lattice constant (Angstoms) = ${length};" print "Cohesive energy (eV) = ${ecoh};" print "All done!" 我的问题是： （1）lattice fcc 4 和 lattice fcc 4 orient x 100 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1这两句有什么区别？效果不是一样的么？为什么在lattice fcc 4建立格子之后，还要有lattice fcc 4 orient x 100 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1这句？意义何在？ （2）replicate 1 1 1这句不相当于没有复制么？为什么要写这条命令呢？意义何在？ （3）如果我只想建模，不进行任何计算，然后想在LAMMPS中导出该模型，最后在VMD中查看该模型。那么在整个代码的最后一行需要添加一个怎样的dump语句？（我查过手册中的dump语句，也试过很多次自己写，但是都不对。） 跪求各路大神帮助。小弟在此谢过！ |
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2楼2013-10-14 19:15:00
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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对于问题1：好好看看手册，说的蛮详细。The other 3 arguments are the crystallographic direction in the lattice that you want to orient along that axis, specified as integers. E.g. "orient x 2 1 0" means the x-axis in the simulation box will be the [210] lattice direction. 两条命令有差别； 对于问题2：我觉得可以去掉； 对于问题3：dump 1 all atom 1 dump.lammpstrj 就可以了，其中的1不可以和其他的dump重复；1000为每多少步输出一次，可以自己设定，看手册就知道啥意思了。关键在于文件名后缀为lammpstrj。 PS：我没仔细看你的程序，只是针对你的问题。你可以试下！ |
3楼2013-10-16 17:31:04
4楼2013-10-27 09:20:31
Ergon
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6楼2015-11-20 22:07:24
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9楼2019-02-10 15:26:06
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10楼2019-09-15 16:05:05