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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 请求高手关于ATK/VNL中分子建模的问题
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飘飘转世

银虫 (小有名气)

[求助] 请求高手关于ATK/VNL中分子建模的问题

本人ATK/VNL软件初学者，现用版本为12.2.2，在http://www.quantumwise.com/products/download上下载的。学习了几天，回构建已知分子的分子结模型，但是没找到画分子三维图的方法。现在又下面一个正在研究的分子，请求各位大侠帮助或给我画分子三维图的指示！

OH(正确)-连接后.jpg
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1楼 2012-10-24 12:46:13
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

majiejili

金虫 (小有名气)
我们是先把MS中保存为car，然后把坐标复制到到py文件中，就可以用builder打开了
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飘飘转世
好好科研
6楼2012-10-26 14:55:37
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飘飘转世: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2012-10-25 19:03:46
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弘德明志博学笃行
3楼2012-10-25 16:53:07
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普通回帖

77585218358

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飘飘转世: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-25 19:03:57
你可以用MS进行建模，然后把MS建好的分子结构导入到ATK中。
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2楼2012-10-25 14:13:52
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飘飘转世

银虫 (小有名气)
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4楼2012-10-25 19:07:37
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飘飘转世

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 77585218358 at 2012-10-25 14:13:52
你可以用MS进行建模，然后把MS建好的分子结构导入到ATK中。

非常感谢，MS建完模需要保存成什么文件格式，再导入ATK中？
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5楼2012-10-25 19:09:05
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飘飘转世

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by majiejili at 2012-10-26 14:55:37
我们是先把MS中保存为car，然后把坐标复制到到py文件中，就可以用builder打开了

嗯，谢谢！
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7楼2012-10-26 23:02:16
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飘飘转世

银虫 (小有名气)
内容已删除
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8楼2012-11-01 15:34:52
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 飘飘转世 at 2012-11-01 15:34:52
在GaussView中构建完毕后，取出结构存成XYZ格式，具体是个什么步骤呢？ 我试了好多次没成功...

首先存成gjf格式，然后用写字板打开，将结构取出来，按照xyz格式存一下就得了。so easy。
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弘德明志博学笃行
9楼2012-11-01 15:37:41
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飘飘转世

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-11-01 15:37:41
首先存成gjf格式，然后用写字板打开，将结构取出来，按照xyz格式存一下就得了。so easy。...

我用XP（3G）内存计算  到中途总是出现unknown software exception(Ox40000015) Ox7857bea4 导致运行失败，然后用换 server 03(6G)，还是会出现这样的错误。我整了好几天，还是没整好，这是为什么呢？ 是不是这个分子太大？（扩展分子总共有190左右个原子）

未命名.jpg
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10楼2012-11-02 10:05:55
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