[交流] 【求助】建模问题

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1楼 2010-12-17 20:56:19

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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-12-18 20:36:33

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Originally posted by amynihao at 2010-12-17 20:56:19:
玻璃态的无规则体系的模型怎么建啊？就像下图这样的是怎么建摸的啊？

希望各位高手们帮忙解答一些，谢谢。

假如你用MS的话，可能要先画一条聚合物链，然后使用AMORPHOROUS CELL模块，选择合适的力场建成盒子，只要知道单个的链的化学式就好了。

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4楼2010-12-18 11:05:19

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化工催化剂

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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-18 20:36:19
amynihao(金币+1): 2010-12-19 09:51:44

这个问题你应该找一个学数学的童鞋给你讲解一下化学人数学普遍不好啊。

2楼2010-12-18 10:46:11

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zyj8119

木虫 (著名写手)

amynihao(金币+6): 2010-12-19 09:48:27

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这个玻璃态的化合物的化学式是什么样的？

3楼2010-12-18 10:51:05

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amynihao

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Originally posted by zyj8119 at 2010-12-18 11:05:19:

假如你用MS的话，可能要先画一条聚合物链，然后使用AMORPHOROUS CELL模块，选择合适的力场建成盒子，只要知道单个的链的化学式就好了。

它的化学式是CaO-SiO2-Al2O3
其中各个部分的比例是可以变化的。

5楼2010-12-19 09:50:44

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老虎大王

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★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-20 14:54:38

各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格，或者BCC晶格，都可以。

6楼2010-12-19 10:56:21

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amynihao

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 10:56:21:
各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格，或者BCC晶格，都可以。

请问您说的这个各原子随机占位怎么设置呢？

7楼2010-12-19 11:11:01

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zyj8119

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 10:56:21:
各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格，或者BCC晶格，都可以。

难道需要编程，是用随机数产生程序，随时分配？

8楼2010-12-19 12:03:04

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老虎大王

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★ ★ ★
amynihao(金币+2): 2010-12-19 19:24:51
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-19 23:05:29

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Originally posted by amynihao at 2010-12-19 11:11:01:

请问您说的这个各原子随机占位怎么设置呢？

这个是要编程的。一个比较方便的办法是你先用工具生成一个FCC或者BCC金属体系，得到格点位置坐标，格点数目等于或者稍大于你的体系的原子数目，然后对于每一个晶格，随机地用你系统里的原子去填充它。具体方法你自己设计。

9楼2010-12-19 18:31:52

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老虎大王

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★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-19 23:05:38

当然你也可以不用晶格，而是用完全随机的方式，就是在给定范围内随机给原子生成坐标，而不把原子放在规则的格点上。不过这种方式可能会使原子重叠较大，MD运行很容易崩溃，你要小心地多试几次。即使放到晶格上，同样也有可能会因势能过大，进而导致温度失控，你开始时要把MD步长尽量搞小一些，经过一段试运行，如果程序不崩溃，你就得到了一个初始构型，然后在此基础上开始模拟。

10楼2010-12-19 18:37:45

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amynihao

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 18:31:52:

这个是要编程的。一个比较方便的办法是你先用工具生成一个FCC或者BCC金属体系，得到格点位置坐标，格点数目等于或者稍大于你的体系的原子数目，然后对于每一个晶格，随机地用你系统里的原子去填充它。具体方 ...

专家您好，谢谢您这么详细的解答，但是我看完之后还是不知道具体该怎么做，您这里指的这个工具是什么工具呢，还有就是如果用MS编程的话应该怎么操作。因为MS里自带的结构里也有很多玻璃态的结构，比如硅酸纳的结构如下图。其中红色的原子为氧原子，黄色原子为硅原子，紫色为钠原子。你知道这种结构是怎么建的吗？也需要编程实现吗？非常感谢您的回答。

[ Last edited by amynihao on 2010-12-19 at 19:42 ]

11楼2010-12-19 19:40:33

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老虎大王

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amynihao(金币+1): 2010-12-20 10:23:21
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-12-20 14:54:17

MS我不大会用啊。我说的工具，就是你熟悉的常用的生成晶体结构的工具啊，但我本人是很少用这些工具的，基本上都是自己编程序。有时候可以用GULP之类的软件先生成一个原胞，然后再在MD程序里扩展。现在我知道Crystalmaker是很好用的生成晶体结构的工具。
既然你用MS就好办了，MS不仅能够方便地生成晶体结构，还能直接生成非晶态的起始结构。应该是比较方便的，但这个软件我不大用啊，不好意思。好像是有个amorphorous 结构生成的菜单吧，你研究一下。这种软件的特点就是易用，你自己摸索一下，看看帮助文件之类，肯定能搞定的。

12楼2010-12-20 09:07:24

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amynihao

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Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-20 09:07:24:
MS我不大会用啊。我说的工具，就是你熟悉的常用的生成晶体结构的工具啊，但我本人是很少用这些工具的，基本上都是自己编程序。有时候可以用GULP之类的软件先生成一个原胞，然后再在MD程序里扩展。现在我知道Cryst ...

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