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amynihao

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】建模问题

玻璃态的无规则体系的模型怎么建啊?就像下图这样的是怎么建摸的啊?

希望各位高手们帮忙解答一些,谢谢。
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★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-12-18 20:36:33
引用回帖:
Originally posted by amynihao at 2010-12-17 20:56:19:
玻璃态的无规则体系的模型怎么建啊?就像下图这样的是怎么建摸的啊?

希望各位高手们帮忙解答一些,谢谢。

假如你用MS的话,可能要先画一条聚合物链,然后使用AMORPHOROUS CELL模块,选择合适的力场建成盒子,只要知道单个的链的化学式就好了。
4楼2010-12-18 11:05:19
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普通回帖

化工催化剂

木虫 (小有名气)



ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-18 20:36:19
amynihao(金币+1): 2010-12-19 09:51:44
这个问题  你应该找一个学数学的童鞋给你讲解一下      化学人  数学普遍不好啊。
2楼2010-12-18 10:46:11
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amynihao(金币+6): 2010-12-19 09:48:27
引用回帖:
Originally posted by amynihao at 2010-12-17 20:56:19:
玻璃态的无规则体系的模型怎么建啊?就像下图这样的是怎么建摸的啊?

希望各位高手们帮忙解答一些,谢谢。

这个玻璃态的化合物的化学式是什么样的?
3楼2010-12-18 10:51:05
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amynihao

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-18 11:05:19:

假如你用MS的话,可能要先画一条聚合物链,然后使用AMORPHOROUS CELL模块,选择合适的力场建成盒子,只要知道单个的链的化学式就好了。

它的化学式是CaO-SiO2-Al2O3
其中各个部分的比例是可以变化的。
5楼2010-12-19 09:50:44
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★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-20 14:54:38
各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格,或者BCC晶格,都可以。
6楼2010-12-19 10:56:21
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amynihao

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 10:56:21:
各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格,或者BCC晶格,都可以。

请问您说的这个各原子随机占位怎么设置呢?
7楼2010-12-19 11:11:01
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引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 10:56:21:
各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格,或者BCC晶格,都可以。

难道需要编程,是用随机数产生程序,随时分配?
8楼2010-12-19 12:03:04
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★ ★ ★
amynihao(金币+2): 2010-12-19 19:24:51
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-19 23:05:29
引用回帖:
Originally posted by amynihao at 2010-12-19 11:11:01:

请问您说的这个各原子随机占位怎么设置呢?

这个是要编程的。一个比较方便的办法是你先用工具生成一个FCC或者BCC金属体系,得到格点位置坐标,格点数目等于或者稍大于你的体系的原子数目,然后对于每一个晶格,随机地用你系统里的原子去填充它。具体方法你自己设计。
9楼2010-12-19 18:31:52
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★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-19 23:05:38
当然你也可以不用晶格,而是用完全随机的方式,就是在给定范围内随机给原子生成坐标,而不把原子放在规则的格点上。不过这种方式可能会使原子重叠较大,MD运行很容易崩溃,你要小心地多试几次。即使放到晶格上,同样也有可能会因势能过大,进而导致温度失控,你开始时要把MD步长尽量搞小一些,经过一段试运行,如果程序不崩溃,你就得到了一个初始构型,然后在此基础上开始模拟。
10楼2010-12-19 18:37:45
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amynihao

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 18:31:52:



这个是要编程的。一个比较方便的办法是你先用工具生成一个FCC或者BCC金属体系,得到格点位置坐标,格点数目等于或者稍大于你的体系的原子数目,然后对于每一个晶格,随机地用你系统里的原子去填充它。具体方 ...

专家您好,谢谢您这么详细的解答,但是我看完之后还是不知道具体该怎么做,您这里指的这个工具是什么工具呢,还有就是如果用MS编程的话应该怎么操作。因为MS里自带的结构里也有很多玻璃态的结构,比如硅酸纳的结构如下图。其中红色的原子为氧原子,黄色原子为硅原子,紫色为钠原子。你知道这种结构是怎么建的吗?也需要编程实现吗?非常感谢您的回答。


[ Last edited by amynihao on 2010-12-19 at 19:42 ]
11楼2010-12-19 19:40:33
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
amynihao(金币+1): 2010-12-20 10:23:21
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-12-20 14:54:17
MS我不大会用啊。我说的工具,就是你熟悉的常用的生成晶体结构的工具啊,但我本人是很少用这些工具的,基本上都是自己编程序。有时候可以用GULP之类的软件先生成一个原胞,然后再在MD程序里扩展。现在我知道Crystalmaker是很好用的生成晶体结构的工具。
既然你用MS就好办了,MS不仅能够方便地生成晶体结构,还能直接生成非晶态的起始结构。应该是比较方便的,但这个软件我不大用啊,不好意思。好像是有个amorphorous 结构生成的菜单吧,你研究一下。这种软件的特点就是易用,你自己摸索一下,看看帮助文件之类,肯定能搞定的。
12楼2010-12-20 09:07:24
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amynihao

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-20 09:07:24:
MS我不大会用啊。我说的工具,就是你熟悉的常用的生成晶体结构的工具啊,但我本人是很少用这些工具的,基本上都是自己编程序。有时候可以用GULP之类的软件先生成一个原胞,然后再在MD程序里扩展。现在我知道Cryst ...

恩好的,非常感谢您的指导。给您献花了。
13楼2010-12-20 10:40:35
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