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amynihao

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】建模问题

玻璃态的无规则体系的模型怎么建啊？就像下图这样的是怎么建摸的啊？

希望各位高手们帮忙解答一些，谢谢。
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1楼 2010-12-17 20:56:19
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-12-18 20:36:33
引用回帖:
Originally posted by amynihao at 2010-12-17 20:56:19:
玻璃态的无规则体系的模型怎么建啊？就像下图这样的是怎么建摸的啊？

希望各位高手们帮忙解答一些，谢谢。

假如你用MS的话，可能要先画一条聚合物链，然后使用AMORPHOROUS CELL模块，选择合适的力场建成盒子，只要知道单个的链的化学式就好了。
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4楼2010-12-18 11:05:19
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化工催化剂

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-12-18 20:36:19
amynihao(金币+1): 2010-12-19 09:51:44
这个问题  你应该找一个学数学的童鞋给你讲解一下      化学人  数学普遍不好啊。
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2楼2010-12-18 10:46:11
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zyj8119

木虫 (著名写手)
amynihao(金币+6): 2010-12-19 09:48:27
引用回帖:
Originally posted by amynihao at 2010-12-17 20:56:19:
玻璃态的无规则体系的模型怎么建啊？就像下图这样的是怎么建摸的啊？

希望各位高手们帮忙解答一些，谢谢。

这个玻璃态的化合物的化学式是什么样的？
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3楼2010-12-18 10:51:05
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amynihao

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-12-18 11:05:19:

假如你用MS的话，可能要先画一条聚合物链，然后使用AMORPHOROUS CELL模块，选择合适的力场建成盒子，只要知道单个的链的化学式就好了。

它的化学式是CaO-SiO2-Al2O3
其中各个部分的比例是可以变化的。
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5楼2010-12-19 09:50:44
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-20 14:54:38
各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格，或者BCC晶格，都可以。
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6楼2010-12-19 10:56:21
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amynihao

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 10:56:21:
各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格，或者BCC晶格，都可以。

请问您说的这个各原子随机占位怎么设置呢？
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7楼2010-12-19 11:11:01
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 10:56:21:
各原子随机占位就可以。可以用FCC晶格，或者BCC晶格，都可以。

难道需要编程，是用随机数产生程序，随时分配？
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8楼2010-12-19 12:03:04
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
amynihao(金币+2): 2010-12-19 19:24:51
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-19 23:05:29
引用回帖:
Originally posted by amynihao at 2010-12-19 11:11:01:

请问您说的这个各原子随机占位怎么设置呢？

这个是要编程的。一个比较方便的办法是你先用工具生成一个FCC或者BCC金属体系，得到格点位置坐标，格点数目等于或者稍大于你的体系的原子数目，然后对于每一个晶格，随机地用你系统里的原子去填充它。具体方法你自己设计。
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9楼2010-12-19 18:31:52
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-19 23:05:38
当然你也可以不用晶格，而是用完全随机的方式，就是在给定范围内随机给原子生成坐标，而不把原子放在规则的格点上。不过这种方式可能会使原子重叠较大，MD运行很容易崩溃，你要小心地多试几次。即使放到晶格上，同样也有可能会因势能过大，进而导致温度失控，你开始时要把MD步长尽量搞小一些，经过一段试运行，如果程序不崩溃，你就得到了一个初始构型，然后在此基础上开始模拟。
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10楼2010-12-19 18:37:45
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amynihao

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-19 18:31:52:



这个是要编程的。一个比较方便的办法是你先用工具生成一个FCC或者BCC金属体系，得到格点位置坐标，格点数目等于或者稍大于你的体系的原子数目，然后对于每一个晶格，随机地用你系统里的原子去填充它。具体方 ...

专家您好，谢谢您这么详细的解答，但是我看完之后还是不知道具体该怎么做，您这里指的这个工具是什么工具呢，还有就是如果用MS编程的话应该怎么操作。因为MS里自带的结构里也有很多玻璃态的结构，比如硅酸纳的结构如下图。其中红色的原子为氧原子，黄色原子为硅原子，紫色为钠原子。你知道这种结构是怎么建的吗？也需要编程实现吗？非常感谢您的回答。


[ Last edited by amynihao on 2010-12-19 at 19:42 ]
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11楼2010-12-19 19:40:33
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
amynihao(金币+1): 2010-12-20 10:23:21
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-12-20 14:54:17
MS我不大会用啊。我说的工具，就是你熟悉的常用的生成晶体结构的工具啊，但我本人是很少用这些工具的，基本上都是自己编程序。有时候可以用GULP之类的软件先生成一个原胞，然后再在MD程序里扩展。现在我知道Crystalmaker是很好用的生成晶体结构的工具。
既然你用MS就好办了，MS不仅能够方便地生成晶体结构，还能直接生成非晶态的起始结构。应该是比较方便的，但这个软件我不大用啊，不好意思。好像是有个amorphorous 结构生成的菜单吧，你研究一下。这种软件的特点就是易用，你自己摸索一下，看看帮助文件之类，肯定能搞定的。
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12楼2010-12-20 09:07:24
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amynihao

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-12-20 09:07:24:
MS我不大会用啊。我说的工具，就是你熟悉的常用的生成晶体结构的工具啊，但我本人是很少用这些工具的，基本上都是自己编程序。有时候可以用GULP之类的软件先生成一个原胞，然后再在MD程序里扩展。现在我知道Cryst ...

恩好的，非常感谢您的指导。给您献花了。
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13楼2010-12-20 10:40:35
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