24小时热门版块排行榜    

查看: 1370  |  回复: 7

qustwq

木虫 (正式写手)

[求助] 求助谷氨酸受体建模问题!

看到文献上做的谷氨酸受体的同源模建都是四个亚组组合在一起的,但是我的根据文献上说的下载他的模板1K4C只有一个亚组。请教做这方面的GGJJ给指点一下怎样组成四个亚组的模型!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
qustwq(金币+2): 谢谢回复! 2011-05-15 17:16:53
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-16 20:09:47
引用回帖:
Originally posted by qustwq at 2011-05-13 08:32:40:
看到文献上做的谷氨酸受体的同源模建都是四个亚组组合在一起的,但是我的根据文献上说的下载他的模板1K4C只有一个亚组。请教做这方面的GGJJ给指点一下怎样组成四个亚组的模型!

你先看看PDB数据库里对1K4C的描述,是不是四聚体,如果是的话,直接用SWISS-model进行四聚体建模就可以~
2楼2011-05-13 15:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qustwq

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-13 15:26:55:
你先看看PDB数据库里对1K4C的描述,是不是四聚体,如果是的话,直接用SWISS-model进行四聚体建模就可以~

我看到数据库只描述了该蛋白的一个亚组的结构,但是看到数据库的图片上是个四聚体的!不知道这是怎么回事呢
3楼2011-05-15 17:19:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
qustwq(金币+10): 谢谢指导,我试一试! 2011-05-16 08:22:46
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-05-16 20:09:56
引用回帖:
Originally posted by qustwq at 2011-05-15 17:19:06:
我看到数据库只描述了该蛋白的一个亚组的结构,但是看到数据库的图片上是个四聚体的!不知道这是怎么回事呢

我看了下这个蛋白,貌似是个复合物,比较复杂,你试试把你的单亚组序列在同一个FASTA文件里输入4遍,SWISS-MODEL以1K4C为模板,试试多聚体建模(选择SWISS-MODEL的BETA版!)
4楼2011-05-15 21:34:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qustwq

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-15 21:34:17:
我看了下这个蛋白,貌似是个复合物,比较复杂,你试试把你的单亚组序列在同一个FASTA文件里输入4遍,SWISS-MODEL以1K4C为模板,试试多聚体建模(选择SWISS-MODEL的BETA版!)

在swiss-model中怎么设置多聚体建模?我看到只有一个输入序列选项和选择模板选项,没有设置多聚体建模选项啊。请具体指教,最好截屏,谢谢
5楼2011-05-16 09:51:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-05-16 20:10:05
qustwq(金币+5): 谢谢!已经找到了 2011-05-16 20:27:47
6楼2011-05-16 15:25:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qustwq

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 鼓励自己探索! 2011-05-18 10:10:21
通过zh1987hs 版主的指点可以在swiss-model搭建单亚组的受体蛋白结构。我又通过查文献发现可以通过symmdock可以将单亚组组合成多聚体蛋白!
7楼2011-05-18 10:06:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

qustwq(金币+33): 2011-05-18 16:21:08
御剑江湖: 哇塞,Z斑竹收了50块大洋。。。 2011-05-18 18:59:42
引用回帖:
Originally posted by qustwq at 2011-05-18 10:06:37:
通过zh1987hs 版主的指点可以在swiss-model搭建单亚组的受体蛋白结构。我又通过查文献发现可以通过symmdock可以将单亚组组合成多聚体蛋白!

昨天我找了一下,貌似这个也可以
http://canna.lix.polytechnique.fr/dimovo/
8楼2011-05-18 10:09:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qustwq 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:42 by ms629
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +3 gaoxiaoniuma 2026-02-28 4/200 2026-03-01 14:30 by jjj三跨
[考研] 295复试调剂 +3 简木ChuFront 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:27 by zzxw520th
[考研] 一志愿中南大学理学化学 +3 15779376950 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:27 by 15779376950
[考研] 298求调剂 +9 人间唯你是清欢 2026-02-28 12/600 2026-03-01 14:23 by Ducount.Y
[考研] 材料学调剂 +8 提神豆沙包 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:14 by peike
[考研] 材料284求调剂,一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 材料化工调剂 +8 今夏不夏 2026-03-01 9/450 2026-03-01 13:25 by yc258
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +4 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 4/200 2026-03-01 13:15 by wang_dand
[考研] 306分材料调剂 +3 chuanzhu川烛 2026-03-01 4/200 2026-03-01 12:32 by houyaoxu
[考研] 272求调剂 +5 材紫有化 2026-02-28 5/250 2026-03-01 11:51 by gaoxiaoniuma
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 10/500 2026-03-01 10:02 by 科研狗111
[考研] 298求调剂 +5 axyz3 2026-02-28 5/250 2026-03-01 06:45 by 刘兵
[考研] 272求调剂 +4 田智友 2026-02-28 4/200 2026-03-01 06:43 by 刘兵
[考研] 292求调剂 +3 yhk_819 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:57 by gaoxiaoniuma
[考研] 295求调剂 +5 19171856320 2026-02-28 5/250 2026-02-28 21:39 by gaoxiaoniuma
[考研] 0856材料求调剂 +10 hyf hyf hyf 2026-02-28 11/550 2026-02-28 18:50 by 无际的草原
[考研] 0856调剂 +3 刘梦微 2026-02-28 3/150 2026-02-28 13:22 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见