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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助谷氨酸受体建模问题！
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qustwq

木虫 (正式写手)

[求助] 求助谷氨酸受体建模问题！

看到文献上做的谷氨酸受体的同源模建都是四个亚组组合在一起的，但是我的根据文献上说的下载他的模板1K4C只有一个亚组。请教做这方面的GGJJ给指点一下怎样组成四个亚组的模型！
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1楼 2011-05-13 08:32:40
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
qustwq(金币+2): 谢谢回复！ 2011-05-15 17:16:53
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-16 20:09:47
引用回帖:
Originally posted by qustwq at 2011-05-13 08:32:40:
看到文献上做的谷氨酸受体的同源模建都是四个亚组组合在一起的，但是我的根据文献上说的下载他的模板1K4C只有一个亚组。请教做这方面的GGJJ给指点一下怎样组成四个亚组的模型！

你先看看PDB数据库里对1K4C的描述，是不是四聚体，如果是的话，直接用SWISS-model进行四聚体建模就可以~
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2楼2011-05-13 15:26:55
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qustwq

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-13 15:26:55:
你先看看PDB数据库里对1K4C的描述，是不是四聚体，如果是的话，直接用SWISS-model进行四聚体建模就可以~

我看到数据库只描述了该蛋白的一个亚组的结构，但是看到数据库的图片上是个四聚体的！不知道这是怎么回事呢
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3楼2011-05-15 17:19:06
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
qustwq(金币+10): 谢谢指导，我试一试！ 2011-05-16 08:22:46
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-05-16 20:09:56
引用回帖:
Originally posted by qustwq at 2011-05-15 17:19:06:
我看到数据库只描述了该蛋白的一个亚组的结构，但是看到数据库的图片上是个四聚体的！不知道这是怎么回事呢

我看了下这个蛋白，貌似是个复合物，比较复杂，你试试把你的单亚组序列在同一个FASTA文件里输入4遍，SWISS-MODEL以1K4C为模板,试试多聚体建模（选择SWISS-MODEL的BETA版！）
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4楼2011-05-15 21:34:17
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qustwq

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-15 21:34:17:
我看了下这个蛋白，貌似是个复合物，比较复杂，你试试把你的单亚组序列在同一个FASTA文件里输入4遍，SWISS-MODEL以1K4C为模板,试试多聚体建模（选择SWISS-MODEL的BETA版！）

在swiss-model中怎么设置多聚体建模？我看到只有一个输入序列选项和选择模板选项，没有设置多聚体建模选项啊。请具体指教，最好截屏，谢谢
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5楼2011-05-16 09:51:23
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-05-16 20:10:05
qustwq(金币+5): 谢谢！已经找到了 2011-05-16 20:27:47
http://beta.swissmodel.expasy.or ... unc=modelling_beta1
就在这个网站里~
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6楼2011-05-16 15:25:58
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qustwq

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 鼓励自己探索！ 2011-05-18 10:10:21
通过zh1987hs 版主的指点可以在swiss-model搭建单亚组的受体蛋白结构。我又通过查文献发现可以通过symmdock可以将单亚组组合成多聚体蛋白！
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7楼2011-05-18 10:06:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

qustwq(金币+33): 2011-05-18 16:21:08
御剑江湖: 哇塞，Z斑竹收了50块大洋。。。 2011-05-18 18:59:42
引用回帖:
Originally posted by qustwq at 2011-05-18 10:06:37:
通过zh1987hs 版主的指点可以在swiss-model搭建单亚组的受体蛋白结构。我又通过查文献发现可以通过symmdock可以将单亚组组合成多聚体蛋白！

昨天我找了一下，貌似这个也可以
http://canna.lix.polytechnique.fr/dimovo/
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8楼2011-05-18 10:09:07
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