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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 建模的优化问题？？
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zxl523

金虫 (著名写手)

[交流] 建模的优化问题？？

我跑动力学是应该建完模优化吗？不优化行不行？
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1楼 2012-06-26 08:58:22
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青菜001

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zxl523(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-26 09:38:44
一般都要求再跑动力学之前优化，防止跑动力学的时候能量的变化太大
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2楼2012-06-26 09:14:01
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zxl523

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-06-26 09:14:01
一般都要求再跑动力学之前优化，防止跑动力学的时候能量的变化太大

那是在MD里面优化呢，还是在tinker里面用minimize一下就可以了？
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3楼2012-06-26 09:16:42
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青菜001

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-27 10:37:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by zxl523 at 2012-06-26 09:16:42
那是在MD里面优化呢，还是在tinker里面用minimize一下就可以了？...

一般就是用minimize优化就行，如果体系不大的话，优化精度medium就行。
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4楼2012-06-27 09:59:53
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zxl523

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-06-27 09:59:53
一般就是用minimize优化就行，如果体系不大的话，优化精度medium就行。...

我跑的这个体系minimize之后才能跑，没有minimize的话它就不能跑这事什么问题呢？
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5楼2012-06-27 14:09:40
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zxl523(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-27 18:16:45
因为初始状态不合理 程序终止了
建模出来的结构可能有的局部能量非常高 如果太高 动力学启动会很不稳定 比如能量是天文数字神马的
这不是理想的做法所以要先优化了
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2012-06-27 14:24:58
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zxl523

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yaozhq at 2012-06-27 14:24:58
因为初始状态不合理 程序终止了
建模出来的结构可能有的局部能量非常高 如果太高 动力学启动会很不稳定 比如能量是天文数字神马的
这不是理想的做法所以要先优化了

哦 这个样子  谢谢。
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7楼2012-06-27 14:38:35
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dobdob

木虫 (著名写手)
★
zxl523(金币+1): 谢谢参与
学习了！
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8楼2012-06-28 08:03:48
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zxl5239楼
2012-06-28 08:32   回复  
引用回帖:
8楼: Originally posted by dobdob at 2012-06-28 08:03:48 学习了！

恩。
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