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关于建模结构优化的一些问题
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新手發問 请问一下我想做有特定形状的缺陷的2x2x2的 周期性 的结构，材料是使用硅，要计算态密度，声子谱，能带结构 有试着先做一个的3x3x3超晶胞10颗缺陷的结构，在CPU i5- 2400 内存为8G的电脑上面跑不过跑了一天的工作就失败了，看来电脑不够力 结构优化第一次点选ultralfine，180 eV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39 更改不同的截止能量后要看能量收敛的程度 看到文献都会用 截止能量 跟 能量 的关系 那么是要看 final energy 吗还是迭代之后的 total energy 呢 有试着用硅晶胞边常设为5.4309然后用原始晶胞去最佳化分别选用LDA跟GGA- PBE的截止能量各从100～1000 k点的1x1x1 赝势为ultrasoft 其他都是预设值，晶体越大所需k点数越少 看到一些教学提到硅材料截止能量不需要太高大概在200 eV的的截止能量就能得到准确的数值？ 而得出的总能量我是看最后一次出现的final energy 而总能量LDA的大约都在-102.xx eV的左右GGA大约在-102.90xx LDA的会低估晶格常数GGA会高估晶格常数    回归正题想问一下必须先用优化过后的结构去建立的2x2x2的超晶胞 再删除我想要的原子数，(還是說必须要有真空层吗，看到教学文件指出非周期性的的分子或晶体才需要使用真空层预防波函数重叠)，再进行一次结构最佳化计算我要的物性，選用的截止能量跟k-point都是沿用这样对吗？ 题外话，另外想问一下因为大概是一百颗原子，以现在的Core i7 3.4 GHz的四核8线的电脑大概需要多少时间有哪位高手知道吗 希望大家一起交流指教，谢谢 [ Last edited by yaoo_1 on 2011-9-9 at 01:01 ] |
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【答案】应助回帖
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yaoo_1(金币+1): 感谢版主的指导 2011-09-09 11:45:01
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-09-09 16:12:30
yaoo_1(金币+1): 感谢版主的指导 2011-09-09 11:45:01
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-09-09 16:12:30
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说一下你的设置：ultralfine，180 eV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39 这里很不和谐！ultralfine，180 eV这两个更是了，180太低了 你的总能与计算的这个截断能不一样，注意概念，这两个没啥大直接的关系。 一般优化分几步进行， 首先进行一次粗糙的优化，用mid就行，大概300ev，k点可以少一点 然后进行第二步，选择fine 450eV 4x4x4,也就差不多了 一步优化对于粗糙的结构很难收敛 |
2楼2011-09-09 10:09:15
3楼2011-09-09 11:13:53
4楼2011-09-09 11:34:44
5楼2011-09-09 16:44:04
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谢谢斑竹了， 我还是有一点点没有理解  ，我的理解能力跟表达能力有待加强， 斑竹的意思是说 我用楼上那张图的模型去跑那些态密度那些物性是没问题的? 还是要用下面的图这种  抱歉 & 谢谢了 这两段话让我有点搞混了 {還是說必须要有真空层吗， 看到教学文件指出非周期性的的分子或晶体才需要使用真空层} 昨天有看到一些讨论串说 {超晶胞是对原胞的扩展，比如3*3，2*2等，扩展而成新的重复单元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位浓度，或者掺杂原子等。 例如：如果你的晶胞有100个原子，空位浓度为0.01，那么就要把晶胞扩展10倍，然后，从supercell里面去除一个原子。这样的空位浓度才等于0.01} |
6楼2011-09-09 18:35:11
7楼2011-09-10 10:16:29
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uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-09-11 10:21:11
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-09-11 10:21:11
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看了帖子，进来学习，按照楼主说的： “超晶胞是对原胞的扩展，比如3*3，2*2等，扩展而成新的重复单元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位浓度，或者掺杂原子等。 例如：如果你的晶胞有100个原子，空位浓度为0.01，那么就要把晶胞扩展10倍，然后，从supercell里面去除一个原子。这样的空位浓度才等于0.01” 我觉得按上面的做法来处理楼主的问题是行得通的。 另外，楼主要计算的体系包含100个左右的原子，8G的内存是必须的，可以看看下面这个帖子： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2481753&fpage=1 帖子的作者测试了castep计算所需内存量与计算体系的关系，没有给出计算时间和体系的关系。我估计楼主的Core i7 3.4 GHz的四核8线电脑算包含100个左右原子、而且带缺陷的体系时间上会化的比较久。 |
8楼2011-09-10 20:12:26
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谢谢交流，还有一些新手问题想要请教一下 在计算声子谱时，已经失败两次有试着去调整返回他提到的参数 不过又失败了，这次的讯息有点不太懂 http://dl.dbank.com/c02mrce2g2 想請各位前輩 幫忙看一下 祝大家中秋佳�?愉快 |
9楼2011-09-12 11:16:56
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谢谢交流，还有一些新手问题想要请教一下 在计算声子谱时，已经失败两次有试着去调整返回他提到的参数 不过又失败了，这次的讯息有点不太懂 http://dl.dbank.com/c02mrce2g2 想请各位前辈帮忙看一下 祝大家中秋佳节愉快 |
10楼2011-09-12 11:18:43
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