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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 计算Cl-在Fe表面吸附问题时体系加电荷方法
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)

[求助] 计算Cl-在Fe表面吸附问题时体系加电荷方法

计算Cl-离子在Fe表面吸附时，我的算法是对cl原子加一个负电荷后，对整个体系赋予-1价，几何优化、能量计算后、结果计算出的吸附能为正值。
想请大侠们帮忙解决一下，这是哪方面的问题，会导致最后的吸附能为正值。
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1楼 2011-12-08 22:48:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

acridine

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
uuv2010(金币+2): 多谢指导！ 2011-12-15 23:49:57
首先说，MS是个大杂烩，虽然很方便但也容易出现误会。比如你们讨论的这个设置原子电荷的功能，并不一定是针对dmol或castep模块的设置。所以在使用这些设置之前，一定要看好帮助文件中的介绍。
另外关于体系中的离子，其实第一原理就是寻找体系基态的过程，至于体系中的到底是离子还是原子，则需要看计算出来的电子得失情况。带电体系也是一样，就比如楼主的离子，cl原子吸附到Fe，你对体系加了一个电子，那么软件就会自动寻找这个电子最稳定分布。有可能是分布在cl原子上，使之成为离子。亦有可能是分布到Fe-slab上。究竟是那种情况，自然是要听从软件的计算结果。
限制这个电子停留在Cl上，我不知道意义何在，因为在实际的实验中你也不能保证这个电子始终停留在Cl上而没有转移到别处吧～
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14楼2011-12-15 23:34:45
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hakuna

木虫 (知名作家)
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-21 09:15:54
都是形式电荷惹得祸，一个体系的电荷从来都不会集中在一个或几个特别原子上的.......
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18楼2012-02-21 07:16:25
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普通回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-12-09 23:28:45
我认为有两点值得注意吧
首先，非电中性体系计算各种能量差的时候要特别小心。最好能详细给出你所采用的公式，以及每一项是怎么计算的，才能判断计算过程中是否有错误。
另一方面这种带电体系模型的意义，就是说你这里的模型是否应该带电，也是需要慎重考虑的。
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2楼2011-12-09 02:04:33
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by acridine at 2011-12-09 02:04:33:
我认为有两点值得注意吧
首先，非电中性体系计算各种能量差的时候要特别小心。最好能详细给出你所采用的公式，以及每一项是怎么计算的，才能判断计算过程中是否有错误。
另一方面这种带电体系模型的意义，就是说 ...

非常感谢您的帮助，首先我用的计算公式是：吸附能=（能量计算后）吸附体系的总能量—清洁Fe(100)的能量—Cl-的能量，计算Cl-的能量时我是把cl原子加一个负电荷后放到10埃的立方盒子里面，几何优化、能量计算后得出的。其次，对于这种带电体系，对于加电荷的方式我不知道我这样对不对，但是我觉得为了保证电荷守恒，加一个带负电荷的氯离子在铁表面上，那么体系不是也应给再赋予给它一个负电荷吗？
希望您能指点我一下，万分感谢！
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3楼2011-12-10 21:10:23
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
sunyang1988(金币+3): 谢谢指点 2011-12-11 09:26:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-10 21:10:23:
非常感谢您的帮助，首先我用的计算公式是：吸附能=（能量计算后）吸附体系的总能量—清洁Fe(100)的能量—Cl-的能量，计算Cl-的能量时我是把cl原子加一个负电荷后放到10埃的立方盒子里面，几何优化、能量计算后得 ...

第一个，关于公式，最好能有相关的参考文献对比。因为比较带电体系能量的时候需要进行能级的alignment，以使得能量具有可比性。这个过程在计算带电缺陷形成能的时候经常出现，不知道研究带电吸附的时候有没有类似的过程，找下相关文章吧。
第二个问题。首先，因为有些时侯离子是一种比较化学的、定性的描述，而实际体系中并不一定是这样的带电原子形式存在的。所以要先明确你模拟的体系是否真的是这种带负电的Cl原子参与。
另外就是模型的意义和合理性。我们想要模拟的是无限固体Fe表面的吸附，但由于计算的限制，我们只能建立吸附位置附近的结构模型。如果此时如果你让模型带电，那么其实模拟的是：电荷局域在吸附位置附近的情况。而实际上，即使真的有额外电荷引入，可能也不会局限在吸附位置附近，尤其这里的Fe还是导体。那么你的模型的合理性就有待商榷了。
以上只是我的看法了，我也没有具体研究过吸附，只当做建议就好了。
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4楼2011-12-11 00:48:00
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nwx_ky

木虫 (小有名气)
★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 求助帖，请选择正确的回帖类型 2011-12-15 04:02:44
zzy870720z(金币-1, 应助指数-1): 请选择正确回帖类型，扣回应助指数并罚1BB，谢谢合作 2011-12-16 19:08:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-10 21:10:23:
非常感谢您的帮助，首先我用的计算公式是：吸附能=（能量计算后）吸附体系的总能量—清洁Fe(100)的能量—Cl-的能量，计算Cl-的能量时我是把cl原子加一个负电荷后放到10埃的立方盒子里面，几何优化、能量计算后得 ...

你好，请问你的这个电荷是怎么加上去的。我试了很多次，MS中加不上去，不知你用的什么程序，我也再算离子吸附？可以讨论下。
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梦洁
5楼2011-12-13 15:30:44
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-21 08:29:26
引用回帖:
楼: Originally posted by nwx_ky at 2011-12-13 15:30:44:
你好，请问你的这个电荷是怎么加上去的。我试了很多次，MS中加不上去，不知你用的什么程序，我也再算离子吸附？可以讨论下。

我用的也是MS，第一种方式是：选中你要加电荷的原子修改properties中的charges。第二种方式：工具栏Modify——charges——set all charges/set total charge,视情况选择。
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6楼2011-12-14 10:22:52
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zxj_yc

金虫 (初入文坛)
求助：我也是做离子吸附的，问一下SO42-这类离子，吸附体系怎么建模呢？SO42-能量怎么计算呢？非常感谢
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7楼2011-12-14 11:58:08
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nwx_ky

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
贺仪(金币+2): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 14:26:55
引用回帖:
6楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-14 10:22:52:
我用的也是MS，第一种方式是：选中你要加电荷的原子修改properties中的charges。第二种方式：工具栏Modify——charges——set all charges/set total charge,视情况选择。

首先第一种方法我试过，不可行，算出来和没设置的一样，第二种方法我也试过，也不可行，和第一种方法算出来一样吧，不放你再试试没有设置时的能量，可定和设置了的一样。我试过，就这个问题我用了很多办法，都不行。
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梦洁
8楼2011-12-14 14:10:46
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wangth08

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-15 04:03:15
MS里面加电荷好像是赋予整个系统的，不能赋予单个原子，虽然是那么加的，最后结果好像是整个系统的，我同学计算的经验。
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9楼2011-12-14 20:44:28
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nwx_ky

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

liliangfang(金币+1): 多谢交流 2012-02-21 09:15:20
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangth08 at 2011-12-14 20:44:28:
MS里面加电荷好像是赋予整个系统的，不能赋予单个原子，虽然是那么加的，最后结果好像是整个系统的，我同学计算的经验。

恩，我也算试了试，却是是整个体系的，那你同学有没有什么办法才能算离子吗？可以问问嘛，我这个问题研究了很久了，非常感谢。
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梦洁
10楼2011-12-15 08:52:16
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