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kattygirl

铁虫 (初入文坛)

[求助] 计算Cl-在Fe表面吸附问题时体系加电荷方法

计算Cl-离子在Fe表面吸附时,我的算法是对cl原子加一个负电荷后,对整个体系赋予-1价,几何优化、能量计算后、结果计算出的吸附能为正值。
想请大侠们帮忙解决一下,这是哪方面的问题,会导致最后的吸附能为正值。
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acridine

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
uuv2010(金币+2): 多谢指导! 2011-12-15 23:49:57
首先说,MS是个大杂烩,虽然很方便但也容易出现误会。比如你们讨论的这个设置原子电荷的功能,并不一定是针对dmol或castep模块的设置。所以在使用这些设置之前,一定要看好帮助文件中的介绍。
另外关于体系中的离子,其实第一原理就是寻找体系基态的过程,至于体系中的到底是离子还是原子,则需要看计算出来的电子得失情况。带电体系也是一样,就比如楼主的离子,cl原子吸附到Fe,你对体系加了一个电子,那么软件就会自动寻找这个电子最稳定分布。有可能是分布在cl原子上,使之成为离子。亦有可能是分布到Fe-slab上。究竟是那种情况,自然是要听从软件的计算结果。
限制这个电子停留在Cl上,我不知道意义何在,因为在实际的实验中你也不能保证这个电子始终停留在Cl上而没有转移到别处吧~
14楼2011-12-15 23:34:45
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hakuna

木虫 (知名作家)

liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-21 09:15:54
都是形式电荷惹得祸,一个体系的电荷从来都不会集中在一个或几个特别原子上的.......
18楼2012-02-21 07:16:25
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普通回帖

acridine

木虫 (正式写手)

★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-12-09 23:28:45
我认为有两点值得注意吧
首先,非电中性体系计算各种能量差的时候要特别小心。最好能详细给出你所采用的公式,以及每一项是怎么计算的,才能判断计算过程中是否有错误。
另一方面这种带电体系模型的意义,就是说你这里的模型是否应该带电,也是需要慎重考虑的。
2楼2011-12-09 02:04:33
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by acridine at 2011-12-09 02:04:33:
我认为有两点值得注意吧
首先,非电中性体系计算各种能量差的时候要特别小心。最好能详细给出你所采用的公式,以及每一项是怎么计算的,才能判断计算过程中是否有错误。
另一方面这种带电体系模型的意义,就是说 ...

非常感谢您的帮助,首先我用的计算公式是:吸附能=(能量计算后)吸附体系的总能量—清洁Fe(100)的能量—Cl-的能量,计算Cl-的能量时我是把cl原子加一个负电荷后放到10埃的立方盒子里面,几何优化、能量计算后得出的。其次,对于这种带电体系,对于加电荷的方式我不知道我这样对不对,但是我觉得为了保证电荷守恒,加一个带负电荷的氯离子在铁表面上,那么体系不是也应给再赋予给它一个负电荷吗?
希望您能指点我一下,万分感谢!
3楼2011-12-10 21:10:23
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
sunyang1988(金币+3): 谢谢指点 2011-12-11 09:26:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-10 21:10:23:
非常感谢您的帮助,首先我用的计算公式是:吸附能=(能量计算后)吸附体系的总能量—清洁Fe(100)的能量—Cl-的能量,计算Cl-的能量时我是把cl原子加一个负电荷后放到10埃的立方盒子里面,几何优化、能量计算后得 ...

第一个,关于公式,最好能有相关的参考文献对比。因为比较带电体系能量的时候需要进行能级的alignment,以使得能量具有可比性。这个过程在计算带电缺陷形成能的时候经常出现,不知道研究带电吸附的时候有没有类似的过程,找下相关文章吧。
第二个问题。首先,因为有些时侯离子是一种比较化学的、定性的描述,而实际体系中并不一定是这样的带电原子形式存在的。所以要先明确你模拟的体系是否真的是这种带负电的Cl原子参与。
另外就是模型的意义和合理性。我们想要模拟的是无限固体Fe表面的吸附,但由于计算的限制,我们只能建立吸附位置附近的结构模型。如果此时如果你让模型带电,那么其实模拟的是:电荷局域在吸附位置附近的情况。而实际上,即使真的有额外电荷引入,可能也不会局限在吸附位置附近,尤其这里的Fe还是导体。那么你的模型的合理性就有待商榷了。
以上只是我的看法了,我也没有具体研究过吸附,只当做建议就好了。
4楼2011-12-11 00:48:00
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nwx_ky

木虫 (小有名气)


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 求助帖,请选择正确的回帖类型 2011-12-15 04:02:44
zzy870720z(金币-1, 应助指数-1): 请选择正确回帖类型,扣回应助指数并罚1BB,谢谢合作 2011-12-16 19:08:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-10 21:10:23:
非常感谢您的帮助,首先我用的计算公式是:吸附能=(能量计算后)吸附体系的总能量—清洁Fe(100)的能量—Cl-的能量,计算Cl-的能量时我是把cl原子加一个负电荷后放到10埃的立方盒子里面,几何优化、能量计算后得 ...

你好,请问你的这个电荷是怎么加上去的。我试了很多次,MS中加不上去,不知你用的什么程序,我也再算离子吸附?可以讨论下。
梦洁
5楼2011-12-13 15:30:44
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)

WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-21 08:29:26
引用回帖:
: Originally posted by nwx_ky at 2011-12-13 15:30:44:
你好,请问你的这个电荷是怎么加上去的。我试了很多次,MS中加不上去,不知你用的什么程序,我也再算离子吸附?可以讨论下。

我用的也是MS,第一种方式是:选中你要加电荷的原子修改properties中的charges。第二种方式:工具栏Modify——charges——set all charges/set total charge,视情况选择。
6楼2011-12-14 10:22:52
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zxj_yc

金虫 (初入文坛)

求助:我也是做离子吸附的,问一下SO42-这类离子,吸附体系怎么建模呢?SO42-能量怎么计算呢?非常感谢
7楼2011-12-14 11:58:08
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nwx_ky

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
贺仪(金币+2): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 14:26:55
引用回帖:
6楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-14 10:22:52:
我用的也是MS,第一种方式是:选中你要加电荷的原子修改properties中的charges。第二种方式:工具栏Modify——charges——set all charges/set total charge,视情况选择。

首先第一种方法我试过,不可行,算出来和没设置的一样,第二种方法我也试过,也不可行,和第一种方法算出来一样吧,不放你再试试没有设置时的能量,可定和设置了的一样。我试过,就这个问题我用了很多办法,都不行。
梦洁
8楼2011-12-14 14:10:46
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wangth08

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-15 04:03:15
MS里面加电荷好像是赋予整个系统的,不能赋予单个原子,虽然是那么加的,最后结果好像是整个系统的,我同学计算的经验。
9楼2011-12-14 20:44:28
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nwx_ky

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

liliangfang(金币+1): 多谢交流 2012-02-21 09:15:20
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangth08 at 2011-12-14 20:44:28:
MS里面加电荷好像是赋予整个系统的,不能赋予单个原子,虽然是那么加的,最后结果好像是整个系统的,我同学计算的经验。

恩,我也算试了试,却是是整个体系的,那你同学有没有什么办法才能算离子吗?可以问问嘛,我这个问题研究了很久了,非常感谢。
梦洁
10楼2011-12-15 08:52:16
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