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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 计算Cl-在Fe表面吸附问题时体系加电荷方法
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by nwx_ky at 2011-12-14 14:10:46:
首先第一种方法我试过，不可行，算出来和没设置的一样，第二种方法我也试过，也不可行，和第一种方法算出来一样吧，不放你再试试没有设置时的能量，可定和设置了的一样。我试过，就这个问题我用了很多办法，都不 ...

我对比了加电荷和不加电荷时的情况，计算出的能量是不一样的啊！最近，我给一国外教授发邮件，他给我的回复是“Anyway, you should not try to study an anion in contact with a slab under periodic boundary conditions; the answer will be nonsense.”非常困扰，您也是研究离子吸附的对吧，可否问您一下您对这个问题的看法。
谢谢
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11楼2011-12-15 14:37:22
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nwx_ky

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加讨论 2011-12-15 16:06:56
引用回帖:
11楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-15 14:37:22:
我对比了加电荷和不加电荷时的情况，计算出的能量是不一样的啊！最近，我给一国外教授发邮件，他给我的回复是“Anyway, you should not try to study an anion in contact with a slab under periodic boundary  ...

我的意思是对体系还是设置为-1，但是对单个原子用你的2个办法添加电荷与没有对原子设置电荷的能量一样。
很多人也对我说了这样的话，对单个原子设置电荷，算时他的电荷自然而然的就跑掉了，所以人家的意思是对单个原子设置电荷没什么意思。
给你一篇文章，使用MS算离子离子的，但是方法我还不知道，我发邮件给作者，人家没回复，你试试发邮件，问好人家的方法。这样我们就可以算了，我期待你的回复。我也在尝试离子吸附，我为此还学了几种程序了。Cl-在Al(100)表面吸附的密度泛函理论研究。问到了就给我发邮件，我也急用：nwx_ky@163.com,不知道你那有没有什么文章，也发过来看看，说不定就找到方法了，哈哈哈，共同学习
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梦洁
12楼2011-12-15 15:25:02
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by nwx_ky at 2011-12-15 15:25:02:
我的意思是对体系还是设置为-1，但是对单个原子用你的2个办法添加电荷与没有对原子设置电荷的能量一样。
很多人也对我说了这样的话，对单个原子设置电荷，算时他的电荷自然而然的就跑掉了，所以人家的意思是对单 ...

嗯，谢谢啊！一直再找这方面的文章，大多数都是算的原子或分子的吸附，算离子的很少，关于电荷的这个问题改天找师兄研究一下，你给我的那篇文章我会认真看的，有啥进展一定告诉你，大家共同学习！
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13楼2011-12-15 22:43:32
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acridine

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
uuv2010(金币+2): 多谢指导！ 2011-12-15 23:49:57
首先说，MS是个大杂烩，虽然很方便但也容易出现误会。比如你们讨论的这个设置原子电荷的功能，并不一定是针对dmol或castep模块的设置。所以在使用这些设置之前，一定要看好帮助文件中的介绍。
另外关于体系中的离子，其实第一原理就是寻找体系基态的过程，至于体系中的到底是离子还是原子，则需要看计算出来的电子得失情况。带电体系也是一样，就比如楼主的离子，cl原子吸附到Fe，你对体系加了一个电子，那么软件就会自动寻找这个电子最稳定分布。有可能是分布在cl原子上，使之成为离子。亦有可能是分布到Fe-slab上。究竟是那种情况，自然是要听从软件的计算结果。
限制这个电子停留在Cl上，我不知道意义何在，因为在实际的实验中你也不能保证这个电子始终停留在Cl上而没有转移到别处吧～
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14楼2011-12-15 23:34:45
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by acridine at 2011-12-15 23:34:45:
首先说，MS是个大杂烩，虽然很方便但也容易出现误会。比如你们讨论的这个设置原子电荷的功能，并不一定是针对dmol或castep模块的设置。所以在使用这些设置之前，一定要看好帮助文件中的介绍。
另外关于体系中的离 ...

我的意思是刚开始建模的时候对cl原子加一个负电荷，那经过结构优化和能量计算以后，这个电荷要重新分布，可能是cl失去一些电子而Fe得到了一些电子，那么cl和Fe表面是有相互作用的，或成键之类的。但是，现在困扰我的就是cl原子加负电荷如何加，楼上有同学认为对cl原子加电荷和对系统整体赋予电荷的情况计算能量的结果是一样的，十分困扰。
还有，您觉得该如何计算一个离子的能量呢。悉心聆听您在这方面的建议，谢谢！
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15楼2011-12-15 23:57:34
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acridine

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-15 23:57:34:
我的意思是刚开始建模的时候对cl原子加一个负电荷，那经过结构优化和能量计算以后，这个电荷要重新分布，可能是cl失去一些电子而Fe得到了一些电子，那么cl和Fe表面是有相互作用的，或成键之类的。但是，现在困扰 ...

你用的是什么模块？
如果是dmol和castep的话，在设置计算参数的时候可以设置体系净电荷
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16楼2011-12-16 00:27:43
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by acridine at 2011-12-16 00:27:43:
你用的是什么模块？
如果是dmol和castep的话，在设置计算参数的时候可以设置体系净电荷

我用的是Castep ，请教设置方法。
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17楼2011-12-16 10:27:28
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hakuna

木虫 (知名作家)
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-21 09:15:54
都是形式电荷惹得祸，一个体系的电荷从来都不会集中在一个或几个特别原子上的.......
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18楼2012-02-21 07:16:25
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527751273

银虫 (正式写手)
学习了·～
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19楼2012-04-13 08:39:16
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hanpeng972

木虫 (著名写手)

硬汉集中营
引用回帖:
4楼: Originally posted by acridine at 2011-12-11 00:48:00
第一个，关于公式，最好能有相关的参考文献对比。因为比较带电体系能量的时候需要进行能级的alignment，以使得能量具有可比性。这个过程在计算带电缺陷形成能的时候经常出现，不知道研究带电吸附的时候有没有类似的 ...

你好，请问对于有机物A（带有一个正电荷）在Fe表面吸附过程，我想用Castep模拟计算它的电荷转移过程。你觉得这个过程可行么？如果不可行的话，我认为引入一个Cl，那么可否认为这个体系是电中性的呢？
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青春无悔
20楼2013-03-25 17:41:53
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