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kattygirl

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by nwx_ky at 2011-12-14 14:10:46:
首先第一种方法我试过,不可行,算出来和没设置的一样,第二种方法我也试过,也不可行,和第一种方法算出来一样吧,不放你再试试没有设置时的能量,可定和设置了的一样。我试过,就这个问题我用了很多办法,都不 ...

我对比了加电荷和不加电荷时的情况,计算出的能量是不一样的啊!最近,我给一国外教授发邮件,他给我的回复是“Anyway, you should not try to study an anion in contact with a slab under periodic boundary conditions; the answer will be nonsense.”非常困扰,您也是研究离子吸附的对吧,可否问您一下您对这个问题的看法。
谢谢
11楼2011-12-15 14:37:22
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nwx_ky

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


uuv2010(金币+1): 欢迎参加讨论 2011-12-15 16:06:56
引用回帖:
11楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-15 14:37:22:
我对比了加电荷和不加电荷时的情况,计算出的能量是不一样的啊!最近,我给一国外教授发邮件,他给我的回复是“Anyway, you should not try to study an anion in contact with a slab under periodic boundary  ...

我的意思是对体系还是设置为-1,但是对单个原子用你的2个办法添加电荷与没有对原子设置电荷的能量一样。
很多人也对我说了这样的话,对单个原子设置电荷,算时他的电荷自然而然的就跑掉了,所以人家的意思是对单个原子设置电荷没什么意思。
给你一篇文章,使用MS算离子离子的,但是方法我还不知道,我发邮件给作者,人家没回复,你试试发邮件,问好人家的方法。这样我们就可以算了,我期待你的回复。我也在尝试离子吸附,我为此还学了几种程序了。Cl-在Al(100)表面吸附的密度泛函理论研究。问到了就给我发邮件,我也急用:nwx_ky@163.com,不知道你那有没有什么文章,也发过来看看,说不定就找到方法了,哈哈哈,共同学习
梦洁
12楼2011-12-15 15:25:02
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by nwx_ky at 2011-12-15 15:25:02:
我的意思是对体系还是设置为-1,但是对单个原子用你的2个办法添加电荷与没有对原子设置电荷的能量一样。
很多人也对我说了这样的话,对单个原子设置电荷,算时他的电荷自然而然的就跑掉了,所以人家的意思是对单 ...

嗯,谢谢啊!一直再找这方面的文章,大多数都是算的原子或分子的吸附,算离子的很少,关于电荷的这个问题改天找师兄研究一下,你给我的那篇文章我会认真看的,有啥进展一定告诉你,大家共同学习!
13楼2011-12-15 22:43:32
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acridine

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
uuv2010(金币+2): 多谢指导! 2011-12-15 23:49:57
首先说,MS是个大杂烩,虽然很方便但也容易出现误会。比如你们讨论的这个设置原子电荷的功能,并不一定是针对dmol或castep模块的设置。所以在使用这些设置之前,一定要看好帮助文件中的介绍。
另外关于体系中的离子,其实第一原理就是寻找体系基态的过程,至于体系中的到底是离子还是原子,则需要看计算出来的电子得失情况。带电体系也是一样,就比如楼主的离子,cl原子吸附到Fe,你对体系加了一个电子,那么软件就会自动寻找这个电子最稳定分布。有可能是分布在cl原子上,使之成为离子。亦有可能是分布到Fe-slab上。究竟是那种情况,自然是要听从软件的计算结果。
限制这个电子停留在Cl上,我不知道意义何在,因为在实际的实验中你也不能保证这个电子始终停留在Cl上而没有转移到别处吧~
14楼2011-12-15 23:34:45
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by acridine at 2011-12-15 23:34:45:
首先说,MS是个大杂烩,虽然很方便但也容易出现误会。比如你们讨论的这个设置原子电荷的功能,并不一定是针对dmol或castep模块的设置。所以在使用这些设置之前,一定要看好帮助文件中的介绍。
另外关于体系中的离 ...

我的意思是刚开始建模的时候对cl原子加一个负电荷,那经过结构优化和能量计算以后,这个电荷要重新分布,可能是cl失去一些电子而Fe得到了一些电子,那么cl和Fe表面是有相互作用的,或成键之类的。但是,现在困扰我的就是cl原子加负电荷如何加,楼上有同学认为对cl原子加电荷和对系统整体赋予电荷的情况计算能量的结果是一样的,十分困扰。
还有,您觉得该如何计算一个离子的能量呢。悉心聆听您在这方面的建议,谢谢!
15楼2011-12-15 23:57:34
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acridine

木虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by kattygirl at 2011-12-15 23:57:34:
我的意思是刚开始建模的时候对cl原子加一个负电荷,那经过结构优化和能量计算以后,这个电荷要重新分布,可能是cl失去一些电子而Fe得到了一些电子,那么cl和Fe表面是有相互作用的,或成键之类的。但是,现在困扰 ...

你用的是什么模块?
如果是dmol和castep的话,在设置计算参数的时候可以设置体系净电荷
16楼2011-12-16 00:27:43
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kattygirl

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by acridine at 2011-12-16 00:27:43:
你用的是什么模块?
如果是dmol和castep的话,在设置计算参数的时候可以设置体系净电荷

我用的是Castep ,请教设置方法。
17楼2011-12-16 10:27:28
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hakuna

木虫 (知名作家)

liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-21 09:15:54
都是形式电荷惹得祸,一个体系的电荷从来都不会集中在一个或几个特别原子上的.......
18楼2012-02-21 07:16:25
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527751273

银虫 (正式写手)

学习了·~
19楼2012-04-13 08:39:16
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hanpeng972

木虫 (著名写手)

硬汉集中营

引用回帖:
4楼: Originally posted by acridine at 2011-12-11 00:48:00
第一个,关于公式,最好能有相关的参考文献对比。因为比较带电体系能量的时候需要进行能级的alignment,以使得能量具有可比性。这个过程在计算带电缺陷形成能的时候经常出现,不知道研究带电吸附的时候有没有类似的 ...

你好,请问对于有机物A(带有一个正电荷)在Fe表面吸附过程,我想用Castep模拟计算它的电荷转移过程。你觉得这个过程可行么?如果不可行的话,我认为引入一个Cl,那么可否认为这个体系是电中性的呢?
青春无悔
20楼2013-03-25 17:41:53
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