应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于建模结构优化的一些问题
51/1返回列表
查看: 2371  |  回复: 11
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yaoo_1

木虫 (小有名气)

[求助] 关于建模结构优化的一些问题

新手發問
请问一下我想做有特定形状的缺陷的2x2x2的 周期性 的结构，材料是使用硅，要计算态密度，声子谱，能带结构

有试着先做一个的3x3x3超晶胞10颗缺陷的结构，在CPU i5- 2400 内存为8G的电脑上面跑不过跑了一天的工作就失败了，看来电脑不够力

结构优化第一次点选ultralfine，180 eV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
更改不同的截止能量后要看能量收敛的程度
看到文献都会用 截止能量 跟 能量 的关系
那么是要看 final energy 吗还是迭代之后的 total energy 呢
有试着用硅晶胞边常设为5.4309然后用原始晶胞去最佳化分别选用LDA跟GGA- PBE的截止能量各从100～1000 k点的1x1x1 赝势为ultrasoft 其他都是预设值，晶体越大所需k点数越少
看到一些教学提到硅材料截止能量不需要太高大概在200 eV的的截止能量就能得到准确的数值？
而得出的总能量我是看最后一次出现的final energy
而总能量LDA的大约都在-102.xx eV的左右GGA大约在-102.90xx
LDA的会低估晶格常数GGA会高估晶格常数



回归正题想问一下必须先用优化过后的结构去建立的2x2x2的超晶胞
再删除我想要的原子数，(還是說必须要有真空层吗，看到教学文件指出非周期性的的分子或晶体才需要使用真空层预防波函数重叠)，再进行一次结构最佳化计算我要的物性，選用的截止能量跟k-point都是沿用这样对吗？

题外话，另外想问一下因为大概是一百颗原子，以现在的Core i7 3.4 GHz的四核8线的电脑大概需要多少时间有哪位高手知道吗

希望大家一起交流指教，谢谢

[ Last edited by yaoo_1 on 2011-9-9 at 01:01 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

MaterialStudio学习使用 第一性原理 杂七杂八

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2011-09-09 00:53:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaoo_1

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 52nana at 2011-09-10 20:12:26:
看了帖子，进来学习，按照楼主说的：
“超晶胞是对原胞的扩展，比如3*3，2*2等，扩展而成新的重复单元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位浓度，或者掺杂原子等。
例如：如果你的晶胞有100个原子，空位浓度为0. ...

谢谢交流，还有一些新手问题想要请教一下
在计算声子谱时，已经失败两次有试着去调整返回他提到的参数
不过又失败了，这次的讯息有点不太懂
http://dl.dbank.com/c02mrce2g2
想请各位前辈帮忙看一下

祝大家中秋佳节愉快
赞一下 回复此楼
10楼2011-09-12 11:18:43
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
yaoo_1(金币+1): 感谢版主的指导 2011-09-09 11:45:01
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-09-09 16:12:30
说一下你的设置：ultralfine，180 eV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
这里很不和谐！ultralfine，180 eV这两个更是了，180太低了
你的总能与计算的这个截断能不一样，注意概念，这两个没啥大直接的关系。
一般优化分几步进行，
首先进行一次粗糙的优化，用mid就行，大概300ev，k点可以少一点
然后进行第二步，选择fine 450eV 4x4x4,也就差不多了
一步优化对于粗糙的结构很难收敛
赞一下(2人) 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2011-09-09 10:09:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaoo_1

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-09-09 10:09:15:
说一下你的设置：ultralfine，180 eV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
这里很不和谐！ultralfine，180 eV这两个更是了，180太低了
你的总能与计算的这个截断能不一样，注意概念，这两个没啥大直接的关系。
...

版主抱歉我看错加上打错了
3x3x3 是另外一部份

结构最佳化第一次点选ultralfine，180 EV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
这部分我是想说先练习用的
读入硅之后再变成单胞做测试ultralfine，180 EV的 k点1x1x1 赝势为ultrasoft
昨晚  思绪不太清晰 有点手足无措 卡关很久了
赞一下 回复此楼
3楼2011-09-09 11:13:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaoo_1

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaoo_1 at 2011-09-09 11:13:53:
版主抱歉我看错加上打错了
3x3x3 是另外一部份

结构最佳化第一次点选ultralfine，180 EV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
这部分我是想说先练习用的
读入硅之后再变成单胞做测试ultralfine，180 EV的  ...

漏掉一些讯息
有看一些文献写说截止能量在多少时总能跟晶格常数会有最佳收敛的效果
类似像这样


我要做的模型是中心去掉一颗及五颗原子的模型


昨天有看到一些讨论串说
超晶胞是对原胞的扩展，比如3*3，2*2等，扩展而成新的重复单元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位浓度，或者掺杂原子等。
例如：如果你的晶胞有100个原子，空位浓度为0.01，那么就要把晶胞扩展10倍，然后，从supercell里面去除一个原子。这样的空位浓度才等于0.01
那我一开始模型就建错了吗
学习了看了一些教学好像没提到版主说的要两次优化
赞一下 回复此楼
4楼2011-09-09 11:34:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 希望嫡长子顺利出场！ +5 C刊霸王 2024-05-31 6/300 2024-06-02 19:26 by 子非愚
[基金申请] 哎 +5 河马の史诗 2024-06-02 5/250 2024-06-02 19:05 by 328838485
[基金申请] 离职后国自然项目不能变更单位，在新单位还能申请新的国自然项目吗 5+3 宜兰 2024-05-31 10/500 2024-06-02 17:50 by 月五年子庚
[基金申请] 化学口B0109(高分子合成)，拿青年基金一般需要怎样的文章水平？ +14 salmon95 2024-05-30 23/1150 2024-06-02 16:37 by 款款飞
[论文投稿] 没收到邮件 10+4 荣小撇 2024-05-31 9/450 2024-06-02 13:25 by bobvan
[考博] 导师不让硕转博，让我去国外读博，能理解吗？ +12 萧山幽谷 2024-05-29 20/1000 2024-06-02 12:01 by yuan0806
[考博] 求25博导，金属增材制造方向 +3 22机械 2024-06-01 3/150 2024-06-02 11:17 by Napoleonsky
[考博] 24年博士招生 +8 abinit432 2024-05-27 10/500 2024-06-01 17:38 by czp97
[论文投稿] 求Sci期刊推荐 10+4 甄小鱼 2024-05-30 7/350 2024-06-01 10:41 by bobvan
[基金申请] 数理的人才答辩通知发了吗 +7 yzy3327 2024-05-30 7/350 2024-06-01 09:15 by 撒哈拉西部
[考博] 申博求助?本硕双非一篇三区和四区去985工科非天坑专业有没有希望？ +4 LYS1200 2024-05-29 6/300 2024-06-01 08:50 by 学术渣渣神
[硕博家园] 哈工大硕博招生!博士每月入学! +4 nailooo 2024-05-30 5/250 2024-06-01 06:47 by anevay
[硕博家园] 求问endnote上Wiley引用格式在哪下载 +3 Elon. 2024-05-30 3/150 2024-05-31 10:13 by crazy peng
[文学芳草园] 物是人非 +4 myrtle 2024-05-30 4/200 2024-05-30 15:05 by mapenggao
[论文投稿] 审稿专家比较坚定的让补充实验，但实在没法补充实验，修回还有希望吗？ (EPI+1) 3+3 qweasd12345 2024-05-29 6/300 2024-05-30 08:11 by qweasd12345
[有机交流] 液相纯度高，但产品析不太出来 10+4 cui19236 2024-05-27 9/450 2024-05-30 07:45 by yuanjijoy
[论文投稿] 《控制理论与应用》期刊收版面费吗？ +4 ygj2015 2024-05-29 4/200 2024-05-30 06:59 by nono2009
[博后之家] 2024公派博后申请 +4 326lhpqk 2024-05-27 5/250 2024-05-29 20:03 by @古月胡
[基金申请] 信息学部函评结束了吗？ +6 ducan21 2024-05-28 7/350 2024-05-29 12:10 by WORLD0256
[论文投稿] EI学报，一审返修后，为啥不再送审，直接终审中? +4 qweasd12345 2024-05-27 6/300 2024-05-29 00:02 by dut_ameng
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭