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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建模问题求助
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sailoryh

铜虫 (小有名气)

[求助] MS建模问题求助

我想建立如下图所示的模型，然后导入到LAMMPS中进行模拟，上下两个薄片是石墨烯，中间的圆球是C60富勒烯，包在大直径碳纳米管中，我知道如何导入现有的C60模型和建立CNT，但是不清楚如何能够组装到一起，石墨烯的建模方法也在探索当中，求各位大神能够指点迷津。

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1楼 2012-10-23 09:51:54
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badercao

禁虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-23 10:44:58
本帖内容被屏蔽
2楼2012-10-23 10:40:30
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liruize

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-23 16:16:00
有专门的文导入的！
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3楼2012-10-23 10:52:42
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sailoryh

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by badercao at 2012-10-23 10:40:30
既然能够建成，那就可以直接把C60的坐标写到CNT的中间啊

应该怎么添加坐标呢？我刚接触软件，不太会操作
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4楼2012-10-23 11:13:07
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badercao

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-23 16:16:12
sailoryh: 金币+5, ★有帮助, 谢谢帮助，真心求解详细步骤啊 2012-10-24 09:57:35
本帖内容被屏蔽
5楼2012-10-23 15:36:03
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sailoryh

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by badercao at 2012-10-23 15:36:03
确定碳管的中心坐标和C60的中心坐标，再通过他们之间的位置去移动C60就可以了...

问题是两个模型建在了不同的窗口中，我不清楚如何能放到一起去，我选中了C60，复制后在碳管的窗口中粘贴，结果又增加了一层碳管，而没有出现C60，不知道这种情况如何解决。另外如果复制到一起，如何能够准确控制其移动的位置呢？
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6楼2012-10-24 09:53:35
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-25 09:22:05
sailoryh: 金币+5, ★有帮助, 谢谢帮助 2012-10-25 10:05:19
好办啊，你直接把建好的富勒烯的重心平移到碳管端离口距离为富勒烯半径出或是你想要的地方，这个可以通过excel等软件就可以实现的，那个石墨石板可以使用VMD或是MS造也是同样的方法平移至你想要的地方就OK了。只不过造data不能使用lammps那个转换工具，要手动造而已其实也很快的。
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7楼2012-10-25 08:11:46
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sailoryh

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-10-25 08:11:46
好办啊，你直接把建好的富勒烯的重心平移到碳管端离口距离为富勒烯半径出或是你想要的地方，这个可以通过excel等软件就可以实现的，那个石墨石板可以使用VMD或是MS造也是同样的方法平移至你想要的地方就OK了。只不过 ...

是要把坐标导出来然后在excel修改为新坐标再导入？MS里面不能选定富勒烯然后直接移动到指定的坐标位置处吗？
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8楼2012-10-25 10:04:30
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sailoryh: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-10-25 18:03:39
是可以的，但是你不知道你移动的富勒烯所到位置是否在碳管的轴心上，且离碳管端口的距离不好控制，对以后要是写文章的话这些距离参数我觉得是必须要写清楚的。反正我个人就经常是导出pdb然后通过数学平移公式把他们那个想怎么移动就怎么移动，移动多少Å也都能精确的。且excel有个拖动功能相当方便快捷。
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9楼2012-10-25 13:56:23
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sailoryh

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-10-25 13:56:23
是可以的，但是你不知道你移动的富勒烯所到位置是否在碳管的轴心上，且离碳管端口的距离不好控制，对以后要是写文章的话这些距离参数我觉得是必须要写清楚的。反正我个人就经常是导出pdb然后通过数学平移公式把他们 ...

好的，谢谢了，我先尝试一下
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10楼2012-10-25 16:00:12
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